More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3286 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  100 
 
 		 607 aa  1207    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  90.77 
 
 		 585 aa  1059    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  57.86 
 
 		 578 aa  594  1e-168  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  57.95 
 
 		 574 aa  591  1e-167  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.09 
 
 		 605 aa  587  1e-166  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  56.79 
 
 		 574 aa  581  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  57.2 
 
 		 566 aa  566  1e-160  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.49 
 
 		 609 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  58.63 
 
 		 603 aa  561  1e-158  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  57.17 
 
 		 584 aa  546  1e-154  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  54.58 
 
 		 570 aa  533  1e-150  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.17 
 
 		 584 aa  532  1e-150  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  54.38 
 
 		 601 aa  530  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  52.38 
 
 		 613 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  53.11 
 
 		 590 aa  516  1.0000000000000001e-145  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.62 
 
 		 595 aa  497  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  51.88 
 
 		 578 aa  497  1e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  52.17 
 
 		 601 aa  492  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.36 
 
 		 631 aa  480  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  51.49 
 
 		 630 aa  476  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  51.32 
 
 		 630 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  51.32 
 
 		 630 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  49.73 
 
 		 584 aa  470  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  51.16 
 
 		 617 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  50.66 
 
 		 590 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  50.46 
 
 		 616 aa  466  9.999999999999999e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.13 
 
 		 610 aa  451  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  48.45 
 
 		 645 aa  436  1e-121  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.55 
 
 		 595 aa  435  1e-120  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  42.83 
 
 		 551 aa  345  2e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.47 
 
 		 565 aa  190  8e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.27 
 
 		 560 aa  179  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.2 
 
 		 475 aa  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.27 
 
 		 463 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 		 476 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.79 
 
 		 462 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 		 453 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  38.25 
 
 		 1407 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  40.44 
 
 		 1433 aa  137  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.63 
 
 		 453 aa  136  9e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.62 
 
 		 466 aa  134  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.08 
 
 		 398 aa  134  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  31.81 
 
 		 530 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 		 482 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.15 
 
 		 379 aa  131  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  29.03 
 
 		 457 aa  131  4.0000000000000003e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  40.22 
 
 		 1397 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.01 
 
 		 470 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.56 
 
 		 456 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  40.68 
 
 		 1442 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 		 378 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.83 
 
 		 481 aa  127  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  38.92 
 
 		 1449 aa  127  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  38.38 
 
 		 1449 aa  125  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  35.64 
 
 		 1426 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.24 
 
 		 392 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  37.24 
 
 		 1390 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 		 530 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  34.88 
 
 		 381 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  34.88 
 
 		 381 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  34.88 
 
 		 381 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.89 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.89 
 
 		 375 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.74 
 
 		 459 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.67 
 
 		 449 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.8 
 
 		 456 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  36.67 
 
 		 1465 aa  118  3e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3228  excinuclease ABC subunit C  32.22 
 
 		 614 aa  118  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0438177  normal  0.345048 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2316  excinuclease ABC subunit C  28.67 
 
 		 645 aa  118  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.682688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 		 442 aa  118  3e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0063  excinuclease ABC, C subunit  28.13 
 
 		 641 aa  117  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.22 
 
 		 375 aa  117  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.22 
 
 		 375 aa  117  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.22 
 
 		 375 aa  117  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0581  excinuclease ABC subunit C  33.07 
 
 		 687 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9728  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.68 
 
 		 921 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  37.63 
 
 		 1447 aa  115  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  36.96 
 
 		 1421 aa  114  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1057  excinuclease ABC subunit C  28.1 
 
 		 615 aa  114  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000568653  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2829  excinuclease ABC subunit C  30.48 
 
 		 747 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2884  excinuclease ABC subunit C  30.48 
 
 		 749 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2769  excinuclease ABC subunit C  30.48 
 
 		 747 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0179229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2845  excinuclease ABC subunit C  32.57 
 
 		 762 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 		 315 aa  113  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0205  excinuclease ABC subunit C  28.72 
 
 		 614 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0351181  normal  0.308964 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.03 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  30.8 
 
 		 674 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  37.78 
 
 		 1362 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2824  excinuclease ABC subunit C  30.11 
 
 		 747 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0643024  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1071  excinuclease ABC subunit C  29.34 
 
 		 654 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000538512  normal  0.216036 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 		 383 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0552  excinuclease ABC subunit C  30.11 
 
 		 749 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344791  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2013  excinuclease ABC subunit C  28.81 
 
 		 614 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.117598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1739  excinuclease ABC subunit C  30.48 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00965022  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2456  excinuclease ABC subunit C  30.11 
 
 		 747 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.710072  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  40.12 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  37.43 
 
 		 1402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>