More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0238 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.59 
 
 
721 aa  714    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.54 
 
 
769 aa  828    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
731 aa  1456    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.24 
 
 
722 aa  855    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.79 
 
 
729 aa  677    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.77 
 
 
719 aa  646    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.32 
 
 
706 aa  596  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  37.97 
 
 
707 aa  371  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  37.48 
 
 
729 aa  351  3e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 
719 aa  333  6e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 
714 aa  317  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.17 
 
 
695 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.28 
 
 
695 aa  230  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
695 aa  230  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  40.85 
 
 
616 aa  224  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  50.23 
 
 
485 aa  205  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.03 
 
 
479 aa  184  7e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 
659 aa  182  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  41.71 
 
 
1440 aa  142  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  40.8 
 
 
1407 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  38.76 
 
 
1442 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  39.2 
 
 
1447 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  37.7 
 
 
1465 aa  129  3e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  41.61 
 
 
1449 aa  125  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  40.99 
 
 
1449 aa  124  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  40.2 
 
 
590 aa  122  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.08 
 
 
595 aa  120  7e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  33.8 
 
 
1421 aa  120  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
186 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.78 
 
 
180 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
186 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.52 
 
 
1365 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.97 
 
 
498 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  35.94 
 
 
1367 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  35.94 
 
 
1367 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.89 
 
 
247 aa  118  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  39.34 
 
 
1390 aa  117  6e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 
236 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  38.46 
 
 
578 aa  117  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  39.56 
 
 
570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.18 
 
 
565 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.02 
 
 
1527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.74 
 
 
921 aa  116  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.33 
 
 
1433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.07 
 
 
1397 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  38.55 
 
 
1402 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.86 
 
 
610 aa  113  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  39.29 
 
 
645 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  32.66 
 
 
1433 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  32.66 
 
 
1433 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  32.66 
 
 
1433 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  32.66 
 
 
1433 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  39.01 
 
 
584 aa  111  5e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  32.49 
 
 
1433 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  32.49 
 
 
1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  34.2 
 
 
233 aa  110  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  32.49 
 
 
970 aa  110  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  32.16 
 
 
1433 aa  110  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  37.87 
 
 
239 aa  110  1e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  32.66 
 
 
1433 aa  110  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  32.49 
 
 
1433 aa  109  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  36.65 
 
 
217 aa  108  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
315 aa  108  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  31.98 
 
 
1433 aa  108  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  37.65 
 
 
315 aa  108  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  39.51 
 
 
315 aa  108  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
315 aa  108  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  39.51 
 
 
315 aa  108  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
315 aa  108  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.61 
 
 
236 aa  108  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  39.89 
 
 
630 aa  107  7e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 
315 aa  107  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  39.3 
 
 
1362 aa  106  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.11 
 
 
944 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  34.08 
 
 
1435 aa  107  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.06 
 
 
605 aa  106  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.15 
 
 
595 aa  107  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  41.4 
 
 
584 aa  106  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.02 
 
 
584 aa  105  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  38.41 
 
 
315 aa  105  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 
205 aa  105  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  39.34 
 
 
630 aa  105  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  39.34 
 
 
630 aa  105  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.2 
 
 
184 aa  104  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  39.01 
 
 
551 aa  104  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  37.63 
 
 
574 aa  104  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  31.32 
 
 
1436 aa  104  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  38.41 
 
 
315 aa  104  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 
236 aa  104  7e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  40.66 
 
 
560 aa  104  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 
241 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  38.41 
 
 
315 aa  103  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  35.2 
 
 
1444 aa  103  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  38.3 
 
 
617 aa  103  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  36.81 
 
 
1468 aa  102  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
239 aa  103  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 
236 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  36.68 
 
 
601 aa  103  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.46 
 
 
631 aa  102  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 
574 aa  101  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>