More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3128 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  100 
 
 		 601 aa  1210    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.64 
 
 		 605 aa  612  9.999999999999999e-175  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  57.98 
 
 		 574 aa  609  1e-173  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  58.38 
 
 		 574 aa  601  1e-170  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  59.53 
 
 		 603 aa  593  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  55.24 
 
 		 566 aa  592  1e-168  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  58.65 
 
 		 584 aa  583  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.65 
 
 		 609 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.55 
 
 		 631 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  55.89 
 
 		 590 aa  556  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.36 
 
 		 584 aa  549  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  56.22 
 
 		 601 aa  551  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  53.65 
 
 		 585 aa  539  9.999999999999999e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.95 
 
 		 595 aa  536  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  54.37 
 
 		 613 aa  527  1e-148  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  54.2 
 
 		 607 aa  525  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  51.74 
 
 		 616 aa  527  1e-148  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  54.59 
 
 		 578 aa  523  1e-147  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  51.12 
 
 		 584 aa  507  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  51.59 
 
 		 570 aa  505  9.999999999999999e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  51.43 
 
 		 578 aa  508  9.999999999999999e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  53.57 
 
 		 590 aa  489  1e-137  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  50.43 
 
 		 630 aa  477  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  50.26 
 
 		 630 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  50.26 
 
 		 630 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  50.45 
 
 		 617 aa  464  1e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.71 
 
 		 610 aa  457  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  46.72 
 
 		 645 aa  423  1e-117  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.35 
 
 		 595 aa  394  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  43.82 
 
 		 551 aa  375  1e-102  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  41.23 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.67 
 
 		 565 aa  225  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.85 
 
 		 475 aa  171  4e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0063  excinuclease ABC, C subunit  30.93 
 
 		 641 aa  165  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2175  excinuclease ABC subunit C  36.75 
 
 		 688 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.286452  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0363  excinuclease ABC subunit C  28.09 
 
 		 593 aa  155  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 		 453 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16210  excinuclease ABC, C subunit  28.85 
 
 		 607 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0283958  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2737  excinuclease ABC subunit C  29.27 
 
 		 625 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0851  excinuclease ABC subunit C  35.4 
 
 		 740 aa  146  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00444649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0295  excinuclease ABC, C subunit  32.72 
 
 		 614 aa  145  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.75 
 
 		 462 aa  145  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0663  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 681 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.912465  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 681 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 674 aa  144  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 682 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1014  excinuclease ABC subunit C  35.32 
 
 		 700 aa  144  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00594805  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 677 aa  144  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 		 470 aa  143  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1023  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 684 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1739  excinuclease ABC subunit C  34.65 
 
 		 742 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00965022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.88 
 
 		 459 aa  143  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1019  excinuclease ABC subunit C  34.76 
 
 		 684 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114773  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1779  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 747 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.130591  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2829  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 747 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2769  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 747 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0179229  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0552  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 749 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2884  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 749 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0256  excinuclease ABC subunit C  35.98 
 
 		 613 aa  142  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2456  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 747 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.710072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2824  excinuclease ABC subunit C  34.21 
 
 		 747 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0643024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3228  excinuclease ABC subunit C  32.25 
 
 		 614 aa  142  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0438177  normal  0.345048 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0710  excinuclease ABC subunit C  26.8 
 
 		 631 aa  142  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.314555  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.37 
 
 		 476 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2397  excinuclease ABC subunit C  36.44 
 
 		 598 aa  141  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.866418 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  42.55 
 
 		 1442 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  43.02 
 
 		 1407 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  40.31 
 
 		 1397 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3961  excinuclease ABC subunit C  33.59 
 
 		 623 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00581214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3279  excinuclease ABC subunit C  34.39 
 
 		 613 aa  140  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4046  excinuclease ABC subunit C  32.82 
 
 		 649 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1095  excinuclease ABC subunit C  34.07 
 
 		 753 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1071  excinuclease ABC subunit C  35.19 
 
 		 654 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000538512  normal  0.216036 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2889  excinuclease ABC subunit C  33.91 
 
 		 731 aa  139  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0288597  normal  0.314719 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2610  excinuclease ABC, C subunit  33.69 
 
 		 653 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2845  excinuclease ABC subunit C  34.82 
 
 		 762 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 		 463 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  41.99 
 
 		 1447 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0845  excinuclease ABC, C subunit  33.56 
 
 		 620 aa  138  4e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.866518  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2244  excinuclease ABC subunit C  33.11 
 
 		 663 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1777  excinuclease ABC, C subunit  35.47 
 
 		 636 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0413401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1057  excinuclease ABC subunit C  29.45 
 
 		 615 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000568653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 		 456 aa  137  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  41.18 
 
 		 1433 aa  136  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3219  excinuclease ABC subunit C  33.9 
 
 		 596 aa  136  9e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.831244  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4255  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  136  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4267  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  136  9e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0544521  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4648  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4632  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4647  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 		 456 aa  136  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0365  excinuclease ABC subunit C  33.63 
 
 		 636 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.312712  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0581  excinuclease ABC subunit C  33.91 
 
 		 687 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9728  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1485  excinuclease ABC subunit C  27.46 
 
 		 598 aa  136  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1257  excinuclease ABC, C subunit  33.21 
 
 		 677 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4416  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4628  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.165994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4757  excinuclease ABC subunit C  34.01 
 
 		 594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0936  excinuclease ABC subunit C  33.91 
 
 		 657 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.581594  normal  0.110547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1795  excinuclease ABC subunit C  30.5 
 
 		 619 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.625929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>