More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1907 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 453 aa  934    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.57 
 
 		 502 aa  490  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.85 
 
 		 470 aa  477  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.98 
 
 		 466 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.99 
 
 		 530 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  49.89 
 
 		 530 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.6 
 
 		 481 aa  421  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.27 
 
 		 463 aa  391  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.36 
 
 		 476 aa  363  4e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.52 
 
 		 482 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.38 
 
 		 392 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  52.36 
 
 		 379 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.36 
 
 		 395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.46 
 
 		 383 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 375 aa  279  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.82 
 
 		 375 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.36 
 
 		 378 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.91 
 
 		 398 aa  272  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  51.64 
 
 		 381 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  51.64 
 
 		 381 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  51.64 
 
 		 381 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.42 
 
 		 456 aa  231  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 		 456 aa  219  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 		 453 aa  214  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  31.85 
 
 		 457 aa  204  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 		 449 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  40.23 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  39.38 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  40.23 
 
 		 295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.23 
 
 		 295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  40.23 
 
 		 295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  40.23 
 
 		 295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  40.23 
 
 		 295 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  40.38 
 
 		 275 aa  190  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 		 459 aa  189  5.999999999999999e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  39.85 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  40.23 
 
 		 295 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.432222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  39.85 
 
 		 295 aa  189  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  39.23 
 
 		 293 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  38.85 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  38.85 
 
 		 293 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  38.85 
 
 		 293 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  38.85 
 
 		 293 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  42.08 
 
 		 282 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.56 
 
 		 613 aa  169  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  31.31 
 
 		 574 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  31.31 
 
 		 590 aa  162  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 		 584 aa  161  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.46 
 
 		 570 aa  160  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.21 
 
 		 578 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 		 595 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 565 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  31.25 
 
 		 566 aa  154  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  36.17 
 
 		 630 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  32.04 
 
 		 601 aa  152  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.69 
 
 		 595 aa  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  35.82 
 
 		 630 aa  150  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  35.82 
 
 		 630 aa  150  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.61 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 		 610 aa  147  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 		 609 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.02 
 
 		 605 aa  147  5e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  29.72 
 
 		 603 aa  146  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  31.38 
 
 		 560 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.47 
 
 		 616 aa  145  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 		 578 aa  143  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  29.57 
 
 		 584 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 		 631 aa  140  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  33.22 
 
 		 617 aa  140  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  29.47 
 
 		 584 aa  139  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 		 574 aa  139  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.74 
 
 		 715 aa  137  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  29.5 
 
 		 645 aa  136  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.62 
 
 		 174 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  29.27 
 
 		 585 aa  129  8.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.92 
 
 		 180 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  43.6 
 
 		 720 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  28.27 
 
 		 601 aa  127  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  42.76 
 
 		 1433 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.76 
 
 		 769 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  30.46 
 
 		 607 aa  126  6e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.21 
 
 		 551 aa  126  7e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.43 
 
 		 203 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  37.5 
 
 		 1442 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  39.22 
 
 		 1397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.1 
 
 		 475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  27.82 
 
 		 590 aa  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  39.75 
 
 		 203 aa  113  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.35 
 
 		 204 aa  113  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.01 
 
 		 1407 aa  113  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  37.67 
 
 		 1447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.36 
 
 		 921 aa  112  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  44.59 
 
 		 208 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.34 
 
 		 204 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.46 
 
 		 934 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  41.46 
 
 		 934 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>