More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1986 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  100 
 
 		 295 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  99.66 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  98.98 
 
 		 295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  98.31 
 
 		 295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.432222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  81.12 
 
 		 293 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  80.77 
 
 		 293 aa  494  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  81.12 
 
 		 293 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  80.77 
 
 		 293 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  80.42 
 
 		 293 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  78.05 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  53.26 
 
 		 282 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  52.04 
 
 		 275 aa  247  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.66 
 
 		 502 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.58 
 
 		 476 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.64 
 
 		 470 aa  196  6e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.69 
 
 		 530 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  41.25 
 
 		 530 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.54 
 
 		 463 aa  191  9e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.93 
 
 		 462 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.85 
 
 		 453 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.07 
 
 		 466 aa  179  7e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.78 
 
 		 481 aa  159  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 		 482 aa  108  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0363  excinuclease ABC subunit C  27.75 
 
 		 593 aa  85.9  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0087  excinuclease ABC subunit C  31.49 
 
 		 576 aa  84  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.139428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1161  excinuclease ABC subunit C  31.67 
 
 		 520 aa  83.6  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.342266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1283  excinuclease ABC subunit C  28.64 
 
 		 596 aa  83.2  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2175  excinuclease ABC subunit C  33.17 
 
 		 688 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.286452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  32.21 
 
 		 700 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2640  excinuclease ABC subunit C  30.98 
 
 		 579 aa  82  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.347112  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  30.15 
 
 		 607 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  30.69 
 
 		 682 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  30.69 
 
 		 682 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1246  excinuclease ABC subunit C  30.11 
 
 		 565 aa  80.1  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1257  excinuclease ABC, C subunit  32.07 
 
 		 677 aa  79.7  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2078  excinuclease ABC, C subunit  30.56 
 
 		 604 aa  79.3  0.00000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0381  excinuclease ABC subunit C  31.16 
 
 		 624 aa  79  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2725  excinuclease ABC subunit C  30.85 
 
 		 592 aa  79  0.00000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3952  excinuclease ABC subunit C  30.16 
 
 		 624 aa  79  0.00000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115728 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1026  excinuclease ABC subunit C  30 
 
 		 607 aa  79  0.00000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2845  excinuclease ABC subunit C  32.2 
 
 		 762 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1120  excinuclease ABC subunit C  31.41 
 
 		 617 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1091  excinuclease ABC subunit C  31.41 
 
 		 617 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1553  excinuclease ABC subunit C  31.87 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 		 574 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1822  excinuclease ABC subunit C  33.15 
 
 		 521 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.201866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  26.15 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0845  excinuclease ABC, C subunit  32.42 
 
 		 620 aa  77  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.866518  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0516  excinuclease ABC subunit C  30.48 
 
 		 658 aa  77.4  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4046  excinuclease ABC subunit C  28.72 
 
 		 649 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1072  excinuclease ABC subunit C  30.15 
 
 		 575 aa  77  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.353425  normal  0.0879577 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1945  excinuclease ABC subunit C  33.52 
 
 		 643 aa  76.6  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.892148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  31.58 
 
 		 688 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2589  excinuclease ABC subunit C  30.32 
 
 		 691 aa  75.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0718587  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 		 584 aa  76.3  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2737  excinuclease ABC subunit C  28.04 
 
 		 625 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0699  excinuclease ABC subunit C  29.84 
 
 		 690 aa  75.9  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 		 565 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1652  excinuclease ABC subunit C  30.96 
 
 		 616 aa  75.9  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0328  excinuclease ABC subunit C  29.95 
 
 		 640 aa  75.5  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.462253  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3639  excinuclease ABC, C subunit  29.84 
 
 		 597 aa  75.5  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  32.02 
 
 		 633 aa  75.9  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_002936  DET1216  excinuclease ABC subunit C  29 
 
 		 607 aa  75.1  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.423233  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_999  excinuclease ABC, C subunit  29 
 
 		 607 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3961  excinuclease ABC subunit C  28.72 
 
 		 623 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00581214  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  31.25 
 
 		 612 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.16 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  30.69 
 
 		 674 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_002950  PG1993  excinuclease ABC subunit C  27.72 
 
 		 599 aa  74.3  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.589477 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2709  excinuclease ABC subunit C  26.94 
 
 		 519 aa  74.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.890107  normal  0.0209335 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4295  excinuclease ABC subunit C  30.81 
 
 		 627 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1485  excinuclease ABC subunit C  26.15 
 
 		 598 aa  74.3  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1115  excinuclease ABC subunit C  30.5 
 
 		 679 aa  74.3  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.86041  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1254  excinuclease ABC, C subunit  30.41 
 
 		 615 aa  74.3  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04670  excinuclease ABC, C subunit  28.8 
 
 		 598 aa  74.7  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1124  excinuclease ABC subunit C  27.01 
 
 		 616 aa  74.3  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.957907  decreased coverage  0.0034731 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3342  excinuclease ABC subunit C  31.55 
 
 		 622 aa  74.7  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.991937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0690  excinuclease ABC subunit C  29.84 
 
 		 690 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.485523  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0254  excinuclease ABC, C subunit  28.64 
 
 		 601 aa  74.3  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  29.11 
 
 		 668 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10011  excinuclease ABC subunit C  29.09 
 
 		 640 aa  73.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.404154  normal  0.496638 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0859  hypothetical protein  27.04 
 
 		 598 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00473 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1558  excinuclease ABC subunit C  28.72 
 
 		 690 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367704  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0063  excinuclease ABC, C subunit  27.37 
 
 		 641 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  28.42 
 
 		 617 aa  73.9  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000011349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1854  excinuclease ABC subunit C  25.99 
 
 		 574 aa  73.9  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.971322  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.34 
 
 		 631 aa  73.6  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0710  excinuclease ABC subunit C  30.65 
 
 		 631 aa  73.2  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.314555  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2319  Excinuclease ABC C subunit domain protein  28.35 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1749  excinuclease ABC subunit C  24.61 
 
 		 527 aa  73.2  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0671774  normal  0.123213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  29.47 
 
 		 668 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0327  excinuclease ABC subunit C  26.6 
 
 		 628 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000467295  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2344  excinuclease ABC, C subunit  31.69 
 
 		 779 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.77277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  32.62 
 
 		 590 aa  72.8  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1823  excinuclease ABC, C subunit  28.65 
 
 		 622 aa  72.8  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>