More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1242 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 565 aa  1122    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  39.41 
 
 		 584 aa  242  2e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.96 
 
 		 590 aa  240  4e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.59 
 
 		 605 aa  239  6.999999999999999e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  36.67 
 
 		 566 aa  239  1e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  41.04 
 
 		 574 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.75 
 
 		 595 aa  236  7e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  39.8 
 
 		 578 aa  236  7e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  38.01 
 
 		 574 aa  229  9e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  37.32 
 
 		 601 aa  229  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.85 
 
 		 584 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36 
 
 		 570 aa  220  3.9999999999999997e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  38.8 
 
 		 613 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.96 
 
 		 631 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.73 
 
 		 463 aa  210  6e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  37.13 
 
 		 645 aa  208  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  37.44 
 
 		 601 aa  208  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.01 
 
 		 609 aa  207  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  35.61 
 
 		 584 aa  203  8e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.45 
 
 		 616 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.08 
 
 		 610 aa  199  7.999999999999999e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  33.21 
 
 		 630 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.98 
 
 		 595 aa  194  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.89 
 
 		 476 aa  193  7e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  37.99 
 
 		 585 aa  192  1e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  38.87 
 
 		 617 aa  192  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  35.17 
 
 		 630 aa  192  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  35.17 
 
 		 630 aa  192  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  38.59 
 
 		 590 aa  190  5.999999999999999e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.55 
 
 		 462 aa  189  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.88 
 
 		 459 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  38.57 
 
 		 578 aa  187  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  34.61 
 
 		 603 aa  186  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.93 
 
 		 449 aa  184  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 		 453 aa  181  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.28 
 
 		 456 aa  179  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  37.47 
 
 		 607 aa  176  8e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  41.46 
 
 		 560 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  33.56 
 
 		 457 aa  174  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  37.94 
 
 		 551 aa  169  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.99 
 
 		 470 aa  166  8e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.05 
 
 		 383 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  34.03 
 
 		 530 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 		 456 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.03 
 
 		 392 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 		 395 aa  161  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.55 
 
 		 530 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2737  excinuclease ABC subunit C  28.66 
 
 		 625 aa  159  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 453 aa  157  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0256  excinuclease ABC subunit C  33.73 
 
 		 613 aa  156  9e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.89 
 
 		 398 aa  154  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 		 482 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 		 466 aa  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 		 442 aa  149  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 375 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 375 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 375 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 375 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 375 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 		 378 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.2 
 
 		 204 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  42.71 
 
 		 203 aa  145  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.65 
 
 		 203 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.32 
 
 		 205 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  44.83 
 
 		 222 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  47.27 
 
 		 1444 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  42.05 
 
 		 1449 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.35 
 
 		 215 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  44.57 
 
 		 208 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0807  excinuclease ABC subunit C  27.54 
 
 		 613 aa  141  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  41.48 
 
 		 1449 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1057  excinuclease ABC subunit C  28.06 
 
 		 615 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000568653  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.89 
 
 		 1397 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.84 
 
 		 379 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2410  excinuclease ABC subunit C  34.04 
 
 		 673 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.308713  hitchhiker  0.000953685 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.7 
 
 		 208 aa  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.4 
 
 		 219 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  42.26 
 
 		 1433 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  42.13 
 
 		 203 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  42.61 
 
 		 215 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.21 
 
 		 204 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  43.71 
 
 		 1435 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0841  excinuclease ABC subunit C  30.59 
 
 		 590 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.53 
 
 		 475 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1145  excinuclease ABC, C subunit  29.58 
 
 		 594 aa  137  7.000000000000001e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.13 
 
 		 204 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  44.57 
 
 		 204 aa  136  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  41.82 
 
 		 970 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.34 
 
 		 204 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.47 
 
 		 214 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2610  excinuclease ABC, C subunit  31.56 
 
 		 653 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1783  excinuclease ABC subunit C  35.74 
 
 		 653 aa  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  34.48 
 
 		 626 aa  135  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  41.36 
 
 		 1442 aa  134  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_999  excinuclease ABC, C subunit  27.52 
 
 		 607 aa  135  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  42.01 
 
 		 1433 aa  134  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  44.97 
 
 		 1440 aa  135  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  33.87 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  41.21 
 
 		 1433 aa  134  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  40.61 
 
 		 1433 aa  134  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>