More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0827 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 470 aa  956    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.07 
 
 		 453 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.41 
 
 		 502 aa  458  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.89 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.24 
 
 		 462 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  49.67 
 
 		 530 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.9 
 
 		 466 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.63 
 
 		 463 aa  414  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.97 
 
 		 481 aa  391  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.38 
 
 		 476 aa  378  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.09 
 
 		 482 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  56.63 
 
 		 379 aa  297  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.43 
 
 		 375 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.43 
 
 		 398 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.47 
 
 		 375 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.76 
 
 		 392 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.8 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.8 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.8 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.6 
 
 		 383 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.96 
 
 		 395 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  56.63 
 
 		 381 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  56.63 
 
 		 381 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  56.63 
 
 		 381 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.07 
 
 		 378 aa  280  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.86 
 
 		 456 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.29 
 
 		 459 aa  208  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.04 
 
 		 453 aa  207  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  45.28 
 
 		 275 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 456 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  43.88 
 
 		 292 aa  202  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  31.85 
 
 		 457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  41.99 
 
 		 295 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  41.37 
 
 		 293 aa  197  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  41.99 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.99 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  41.99 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  41.99 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  41.99 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  41.64 
 
 		 295 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.432222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  41.37 
 
 		 293 aa  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  41.64 
 
 		 295 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  41.64 
 
 		 295 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  41.01 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.98 
 
 		 449 aa  195  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  40.65 
 
 		 293 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  40.65 
 
 		 293 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 		 565 aa  178  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.27 
 
 		 578 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  43.62 
 
 		 282 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.67 
 
 		 590 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  34.38 
 
 		 613 aa  157  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.23 
 
 		 584 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  34.55 
 
 		 601 aa  154  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.09 
 
 		 442 aa  153  5e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.57 
 
 		 570 aa  150  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.59 
 
 		 595 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.32 
 
 		 631 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  32.62 
 
 		 616 aa  145  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.68 
 
 		 769 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 		 595 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 		 574 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  34.95 
 
 		 560 aa  144  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  34.83 
 
 		 566 aa  143  7e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  49.34 
 
 		 720 aa  143  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.79 
 
 		 610 aa  142  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  32.5 
 
 		 584 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  35.86 
 
 		 585 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  33.33 
 
 		 601 aa  141  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  34.11 
 
 		 603 aa  140  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  33.33 
 
 		 630 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.03 
 
 		 715 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  35.45 
 
 		 617 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  33.07 
 
 		 630 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  33.07 
 
 		 630 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.98 
 
 		 574 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  35.04 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  46.26 
 
 		 1442 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  32.18 
 
 		 645 aa  131  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  35.01 
 
 		 607 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.66 
 
 		 605 aa  130  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.91 
 
 		 174 aa  129  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  43.84 
 
 		 1433 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.16 
 
 		 609 aa  127  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  36.3 
 
 		 551 aa  127  5e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  33.33 
 
 		 584 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  33.33 
 
 		 590 aa  123  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 		 218 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  41.1 
 
 		 203 aa  120  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.2 
 
 		 180 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.89 
 
 		 204 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.51 
 
 		 204 aa  117  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.44 
 
 		 203 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.24 
 
 		 203 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.47 
 
 		 219 aa  114  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  36.46 
 
 		 204 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.68 
 
 		 929 aa  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.33 
 
 		 204 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.02 
 
 		 204 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.83 
 
 		 475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>