More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3055 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 218 aa  449  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  60.4 
 
 		 215 aa  264  8.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.42 
 
 		 215 aa  261  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.03 
 
 		 205 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.3 
 
 		 208 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 		 208 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 		 208 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 		 208 aa  248  7e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.8 
 
 		 208 aa  247  1e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  58.97 
 
 		 208 aa  246  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  61.66 
 
 		 222 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.79 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.3 
 
 		 214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.72 
 
 		 239 aa  239  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.22 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.22 
 
 		 229 aa  238  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.67 
 
 		 204 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.28 
 
 		 212 aa  234  8e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  56.35 
 
 		 204 aa  231  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  55.38 
 
 		 203 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  57.36 
 
 		 204 aa  231  9e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.19 
 
 		 204 aa  230  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  56.35 
 
 		 227 aa  228  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.53 
 
 		 204 aa  226  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  53 
 
 		 212 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.27 
 
 		 204 aa  214  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.52 
 
 		 204 aa  203  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  50.26 
 
 		 205 aa  202  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.23 
 
 		 212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.23 
 
 		 212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.72 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.6 
 
 		 203 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.5 
 
 		 205 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.5 
 
 		 205 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  50 
 
 		 204 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.97 
 
 		 204 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  47.94 
 
 		 203 aa  185  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 203 aa  185  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  49.01 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.76 
 
 		 203 aa  176  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.77 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.44 
 
 		 211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  49.01 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.4 
 
 		 201 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.48 
 
 		 199 aa  169  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.04 
 
 		 210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.52 
 
 		 159 aa  156  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.78 
 
 		 218 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.32 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  43.28 
 
 		 218 aa  145  6e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  45.96 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  41.57 
 
 		 1433 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.38 
 
 		 565 aa  125  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  42.6 
 
 		 1444 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  43.21 
 
 		 181 aa  123  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  40.24 
 
 		 970 aa  123  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  39.77 
 
 		 1397 aa  123  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  39.64 
 
 		 1433 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  40.83 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  40.99 
 
 		 170 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  40.72 
 
 		 1426 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.81 
 
 		 921 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.76 
 
 		 1407 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  36.14 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  37.27 
 
 		 315 aa  111  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  37.27 
 
 		 315 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  37.27 
 
 		 315 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  37.27 
 
 		 315 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 299 aa  111  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  37.34 
 
 		 315 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  37.34 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  37.27 
 
 		 315 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  39.05 
 
 		 1435 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  38.65 
 
 		 168 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  36.65 
 
 		 315 aa  109  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  37.72 
 
 		 180 aa  109  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  36.71 
 
 		 315 aa  108  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.09 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.23 
 
 		 470 aa  107  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.34 
 
 		 453 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  39.88 
 
 		 1388 aa  107  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  37.87 
 
 		 1436 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  35.2 
 
 		 1438 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.1 
 
 		 769 aa  106  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  35.2 
 
 		 1438 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.65 
 
 		 909 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  40.38 
 
 		 720 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.38 
 
 		 616 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.76 
 
 		 1440 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1367 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1367 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>