More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0780 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  100 
 
 		 203 aa  424  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.5 
 
 		 208 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  64.5 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  63 
 
 		 208 aa  271  7e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  63 
 
 		 208 aa  270  9e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  63 
 
 		 208 aa  270  9e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  62 
 
 		 212 aa  266  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.63 
 
 		 205 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  63.32 
 
 		 208 aa  263  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.44 
 
 		 215 aa  259  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.43 
 
 		 204 aa  258  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  60.7 
 
 		 204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  61.69 
 
 		 204 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  61.93 
 
 		 227 aa  252  3e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  59 
 
 		 229 aa  251  6e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.5 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  58 
 
 		 229 aa  248  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.5 
 
 		 212 aa  248  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.29 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.43 
 
 		 204 aa  241  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.87 
 
 		 214 aa  240  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.87 
 
 		 219 aa  236  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.38 
 
 		 218 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.84 
 
 		 204 aa  229  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  53.09 
 
 		 222 aa  224  9e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.73 
 
 		 204 aa  223  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.45 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.75 
 
 		 212 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.75 
 
 		 212 aa  175  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.16 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  43.43 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  44.1 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.23 
 
 		 212 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.5 
 
 		 203 aa  170  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  41.33 
 
 		 205 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 211 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.69 
 
 		 203 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  42.86 
 
 		 204 aa  168  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.96 
 
 		 201 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.42 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.29 
 
 		 159 aa  164  9e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.22 
 
 		 205 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.22 
 
 		 205 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.18 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  40.69 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.5 
 
 		 203 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.94 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  39.41 
 
 		 218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  40.7 
 
 		 221 aa  141  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.8 
 
 		 211 aa  138  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.45 
 
 		 565 aa  126  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  37.43 
 
 		 1433 aa  119  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.91 
 
 		 1397 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  38.55 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  34.36 
 
 		 1407 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.16 
 
 		 921 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  35.23 
 
 		 1388 aa  108  5e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  37.21 
 
 		 1433 aa  105  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  36.63 
 
 		 1433 aa  105  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  36.63 
 
 		 1433 aa  105  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.26 
 
 		 463 aa  104  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.37 
 
 		 590 aa  104  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  37.5 
 
 		 970 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.72 
 
 		 616 aa  104  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.79 
 
 		 921 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.82 
 
 		 462 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  36.63 
 
 		 1433 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  36.72 
 
 		 1433 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 		 1442 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.39 
 
 		 1367 aa  103  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.39 
 
 		 1367 aa  103  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  34.55 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  36.78 
 
 		 1444 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  34.32 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  38.61 
 
 		 299 aa  101  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  100  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.05 
 
 		 1440 aa  100  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  37.43 
 
 		 235 aa  100  1e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  36.53 
 
 		 1465 aa  100  1e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  34 
 
 		 595 aa  99.8  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  37.82 
 
 		 720 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  34.5 
 
 		 1402 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  41.61 
 
 		 560 aa  99.8  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  34.76 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.69 
 
 		 1426 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.84 
 
 		 570 aa  99.4  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  34.68 
 
 		 1464 aa  99.8  3e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 315 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  32.56 
 
 		 707 aa  99.4  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 909 aa  99  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>