More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0479 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 159 aa  335  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.76 
 
 		 214 aa  261  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.51 
 
 		 219 aa  255  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.56 
 
 		 208 aa  254  5e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  54.29 
 
 		 203 aa  164  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.52 
 
 		 218 aa  156  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.8 
 
 		 215 aa  156  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 208 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  49.65 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 205 aa  147  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.25 
 
 		 204 aa  147  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.92 
 
 		 204 aa  146  9e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  53.03 
 
 		 204 aa  145  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  53.03 
 
 		 222 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.76 
 
 		 239 aa  141  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.76 
 
 		 229 aa  141  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.6 
 
 		 212 aa  140  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  50.71 
 
 		 204 aa  140  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.04 
 
 		 212 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.04 
 
 		 229 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  44.6 
 
 		 215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.48 
 
 		 204 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.39 
 
 		 204 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  46.04 
 
 		 227 aa  130  7.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  46.15 
 
 		 204 aa  120  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.38 
 
 		 204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  43.85 
 
 		 203 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.32 
 
 		 212 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.32 
 
 		 212 aa  110  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.32 
 
 		 212 aa  110  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  38.03 
 
 		 205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.91 
 
 		 204 aa  107  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 		 203 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 		 205 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 		 205 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.97 
 
 		 203 aa  104  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.1 
 
 		 203 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.39 
 
 		 203 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.06 
 
 		 203 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.83 
 
 		 199 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.74 
 
 		 211 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.85 
 
 		 201 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.86 
 
 		 210 aa  96.3  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  44.83 
 
 		 208 aa  95.5  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  41.29 
 
 		 221 aa  92  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.03 
 
 		 565 aa  91.3  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.4 
 
 		 218 aa  90.5  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  39.74 
 
 		 218 aa  89.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.21 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  32.58 
 
 		 1407 aa  78.2  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.95 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 		 470 aa  77.4  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  37.84 
 
 		 970 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  37.93 
 
 		 1433 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  37.07 
 
 		 1433 aa  75.1  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  41.67 
 
 		 1444 aa  75.1  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  37.07 
 
 		 1433 aa  74.7  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  37.07 
 
 		 1433 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  38.74 
 
 		 1433 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  36.61 
 
 		 1436 aa  74.3  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  34.58 
 
 		 707 aa  74.3  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.61 
 
 		 205 aa  73.9  0.0000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  37.04 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  36.61 
 
 		 1438 aa  73.6  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  36.61 
 
 		 1438 aa  73.6  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.7 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  37.04 
 
 		 1435 aa  72.4  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 		 392 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.51 
 
 		 769 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  35.24 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  35.96 
 
 		 1426 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.86 
 
 		 453 aa  68.2  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  34.95 
 
 		 530 aa  68.2  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.09 
 
 		 383 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.58 
 
 		 714 aa  67.8  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.82 
 
 		 449 aa  67.4  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 		 721 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.09 
 
 		 395 aa  67  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.03 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.59 
 
 		 1367 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.1 
 
 		 466 aa  66.2  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.59 
 
 		 1367 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 		 398 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.16 
 
 		 719 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  38.18 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 		 378 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  35.09 
 
 		 1397 aa  64.7  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.25 
 
 		 463 aa  64.7  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0339  DNA polymerase III, alpha subunit  32.62 
 
 		 1479 aa  64.7  0.0000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  36.13 
 
 		 234 aa  64.7  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.14 
 
 		 243 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>