More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4781 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 201 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  95.5 
 
 		 211 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  93.5 
 
 		 203 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  76.12 
 
 		 203 aa  322  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  72.64 
 
 		 204 aa  318  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  69.15 
 
 		 204 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.7 
 
 		 199 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.7 
 
 		 204 aa  263  8.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  58 
 
 		 203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.7 
 
 		 203 aa  236  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 		 203 aa  231  8.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  54.63 
 
 		 208 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 		 203 aa  205  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.3 
 
 		 205 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.3 
 
 		 205 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.2 
 
 		 210 aa  203  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.74 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.74 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.22 
 
 		 212 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  48.7 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.05 
 
 		 218 aa  191  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  46.88 
 
 		 222 aa  191  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  46.7 
 
 		 215 aa  191  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  54.55 
 
 		 218 aa  191  8e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.21 
 
 		 211 aa  188  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  45.96 
 
 		 203 aa  185  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 		 215 aa  184  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.23 
 
 		 204 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  46.94 
 
 		 227 aa  182  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.4 
 
 		 218 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  46.46 
 
 		 204 aa  181  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  52.02 
 
 		 221 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  44.85 
 
 		 208 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.92 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 214 aa  178  4e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 208 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 208 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.83 
 
 		 204 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.18 
 
 		 212 aa  177  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.06 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.64 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  45.73 
 
 		 204 aa  175  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.5 
 
 		 204 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.92 
 
 		 205 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.65 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 229 aa  168  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 239 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.75 
 
 		 204 aa  168  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.71 
 
 		 565 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 		 168 aa  118  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.76 
 
 		 1433 aa  117  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  38.46 
 
 		 1442 aa  115  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  38.41 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.85 
 
 		 159 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.25 
 
 		 449 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.46 
 
 		 456 aa  107  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 		 453 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  38.27 
 
 		 180 aa  107  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 		 462 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  37.74 
 
 		 170 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  40.49 
 
 		 570 aa  106  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  36.25 
 
 		 457 aa  104  7e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  38.55 
 
 		 720 aa  104  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.37 
 
 		 584 aa  104  9e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.25 
 
 		 180 aa  104  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.96 
 
 		 470 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  39.23 
 
 		 601 aa  103  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 		 769 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.24 
 
 		 383 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.28 
 
 		 616 aa  102  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 463 aa  102  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 		 180 aa  102  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 		 482 aa  101  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  37.8 
 
 		 1444 aa  101  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 		 442 aa  101  8e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 		 921 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.36 
 
 		 921 aa  100  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 595 aa  99.8  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  37.89 
 
 		 970 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 		 574 aa  99.8  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  37.89 
 
 		 1433 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 		 476 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.48 
 
 		 978 aa  100  2e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.21 
 
 		 584 aa  99.4  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 715 aa  99.4  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  38.04 
 
 		 909 aa  99.8  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  37.27 
 
 		 1433 aa  99  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  37.27 
 
 		 1433 aa  99  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.15 
 
 		 453 aa  98.6  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  37.27 
 
 		 1433 aa  99  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  37.2 
 
 		 601 aa  97.8  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.69 
 
 		 395 aa  98.2  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 		 398 aa  97.8  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>