More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4300 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 204 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  93.1 
 
 		 204 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  75.62 
 
 		 203 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  72.64 
 
 		 201 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.86 
 
 		 211 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.36 
 
 		 203 aa  293  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.32 
 
 		 204 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.47 
 
 		 199 aa  248  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.7 
 
 		 203 aa  248  6e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.82 
 
 		 203 aa  234  8e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.89 
 
 		 203 aa  228  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  55.1 
 
 		 203 aa  225  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  55.96 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.48 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.48 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.48 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  47.52 
 
 		 205 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  49.75 
 
 		 222 aa  202  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.97 
 
 		 205 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.97 
 
 		 205 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.25 
 
 		 215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.66 
 
 		 214 aa  197  7.999999999999999e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  46.97 
 
 		 204 aa  191  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.53 
 
 		 218 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.24 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.97 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.24 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  52.02 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.29 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 		 219 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.45 
 
 		 208 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.45 
 
 		 208 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  50.75 
 
 		 221 aa  187  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.03 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.27 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  46.46 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  46.7 
 
 		 227 aa  185  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.94 
 
 		 204 aa  184  7e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 212 aa  184  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.75 
 
 		 211 aa  184  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  44.39 
 
 		 215 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  46.74 
 
 		 208 aa  181  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.69 
 
 		 204 aa  181  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.15 
 
 		 205 aa  180  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.47 
 
 		 229 aa  179  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.18 
 
 		 204 aa  179  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 212 aa  177  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 239 aa  175  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  42.42 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.21 
 
 		 565 aa  137  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.38 
 
 		 159 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  37.65 
 
 		 181 aa  118  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  36.36 
 
 		 1433 aa  115  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.32 
 
 		 769 aa  111  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 		 456 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.67 
 
 		 921 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.67 
 
 		 180 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  36.48 
 
 		 170 aa  105  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  34.84 
 
 		 1442 aa  104  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.06 
 
 		 715 aa  104  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.56 
 
 		 453 aa  102  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.46 
 
 		 470 aa  101  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.91 
 
 		 463 aa  101  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.47 
 
 		 449 aa  99.8  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  35.87 
 
 		 1397 aa  99.4  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.43 
 
 		 476 aa  99  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  36.32 
 
 		 584 aa  99  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  37.13 
 
 		 1444 aa  98.2  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.99 
 
 		 1407 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.46 
 
 		 1426 aa  96.7  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 		 462 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  39.02 
 
 		 720 aa  96.7  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 		 930 aa  95.1  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 		 180 aa  94.7  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  33.13 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 909 aa  94  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  93.2  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  93.2  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.96 
 
 		 482 aa  93.2  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 		 453 aa  93.2  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  35.33 
 
 		 457 aa  92.8  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40 
 
 		 616 aa  92.8  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  93.2  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 		 921 aa  92.8  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  38.81 
 
 		 299 aa  92.4  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 		 456 aa  92.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.22 
 
 		 475 aa  92.4  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  34 
 
 		 392 aa  92  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 		 934 aa  91.7  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 		 934 aa  92  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 		 934 aa  91.7  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 		 934 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 		 584 aa  90.9  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>