More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3411 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 215 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  63.96 
 
 		 208 aa  272  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  64.5 
 
 		 203 aa  272  4.0000000000000004e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.86 
 
 		 204 aa  267  7e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.4 
 
 		 218 aa  264  8.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.31 
 
 		 205 aa  263  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  60.89 
 
 		 204 aa  263  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.32 
 
 		 215 aa  263  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  60.4 
 
 		 204 aa  256  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  62 
 
 		 227 aa  251  5.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.71 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.5 
 
 		 239 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.62 
 
 		 208 aa  248  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  58 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.13 
 
 		 208 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.13 
 
 		 208 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.13 
 
 		 208 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  58.16 
 
 		 222 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.65 
 
 		 212 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.5 
 
 		 212 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.06 
 
 		 214 aa  235  4e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.06 
 
 		 219 aa  234  8e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.06 
 
 		 208 aa  231  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.78 
 
 		 204 aa  230  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.7 
 
 		 204 aa  221  9e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  54 
 
 		 204 aa  218  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.76 
 
 		 204 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 212 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 212 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  44 
 
 		 205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.5 
 
 		 212 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.79 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.79 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.68 
 
 		 203 aa  184  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 204 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.18 
 
 		 203 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  44.39 
 
 		 204 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  44.16 
 
 		 203 aa  178  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.7 
 
 		 211 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.7 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 		 203 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  43.3 
 
 		 203 aa  167  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 		 203 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  47.27 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.29 
 
 		 218 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 		 218 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.38 
 
 		 210 aa  142  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.67 
 
 		 211 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.6 
 
 		 159 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.61 
 
 		 565 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  41.81 
 
 		 1433 aa  137  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  43.75 
 
 		 1426 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  42.77 
 
 		 168 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  40.91 
 
 		 1444 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.89 
 
 		 921 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  39.04 
 
 		 970 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.59 
 
 		 1407 aa  122  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  39.67 
 
 		 1433 aa  121  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.13 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.13 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.13 
 
 		 1433 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  39.04 
 
 		 1433 aa  118  6e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  37.13 
 
 		 170 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.76 
 
 		 181 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.63 
 
 		 1442 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  39.2 
 
 		 1438 aa  115  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  39.2 
 
 		 1438 aa  115  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  38.37 
 
 		 180 aa  115  6e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.64 
 
 		 1435 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  38.42 
 
 		 1436 aa  113  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.67 
 
 		 1397 aa  113  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.28 
 
 		 595 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  34.66 
 
 		 1449 aa  108  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 		 909 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 180 aa  108  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  34.09 
 
 		 1449 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  36.46 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 		 462 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 299 aa  106  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.12 
 
 		 921 aa  105  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.55 
 
 		 584 aa  105  6e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  32.56 
 
 		 1437 aa  105  6e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  36.98 
 
 		 590 aa  104  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  38.1 
 
 		 584 aa  103  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.16 
 
 		 453 aa  102  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  38.61 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  39.52 
 
 		 601 aa  103  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 		 1367 aa  102  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 		 1367 aa  102  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  37.82 
 
 		 720 aa  101  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 315 aa  101  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  41.72 
 
 		 1440 aa  101  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>