More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1871 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 204 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  63.96 
 
 		 227 aa  260  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.91 
 
 		 215 aa  255  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.09 
 
 		 205 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.2 
 
 		 208 aa  248  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.2 
 
 		 208 aa  248  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.3 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.3 
 
 		 208 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  60.2 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  57.43 
 
 		 203 aa  241  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  60.1 
 
 		 204 aa  236  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  59.18 
 
 		 204 aa  236  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.29 
 
 		 212 aa  235  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.28 
 
 		 212 aa  227  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.28 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.28 
 
 		 229 aa  225  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.77 
 
 		 229 aa  224  9e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.56 
 
 		 204 aa  221  7e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  54.27 
 
 		 222 aa  221  8e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.06 
 
 		 204 aa  221  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  54 
 
 		 215 aa  218  3.9999999999999997e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.55 
 
 		 208 aa  217  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.02 
 
 		 214 aa  216  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.27 
 
 		 218 aa  214  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.76 
 
 		 204 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.51 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.74 
 
 		 204 aa  189  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.52 
 
 		 203 aa  188  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.27 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.24 
 
 		 203 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  45.27 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.5 
 
 		 210 aa  182  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  45.73 
 
 		 203 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.74 
 
 		 203 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  47.4 
 
 		 203 aa  174  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.73 
 
 		 211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  47.03 
 
 		 208 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.75 
 
 		 203 aa  168  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.23 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  40.2 
 
 		 205 aa  162  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 212 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.94 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.08 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  42.08 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  44.33 
 
 		 221 aa  151  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.3 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.13 
 
 		 565 aa  136  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.39 
 
 		 159 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  42.86 
 
 		 1433 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.06 
 
 		 1407 aa  123  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.56 
 
 		 462 aa  122  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  41.38 
 
 		 1444 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  39.66 
 
 		 970 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  41.38 
 
 		 1435 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.53 
 
 		 1442 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  42.14 
 
 		 1397 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.08 
 
 		 1433 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  39.66 
 
 		 1433 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  39.31 
 
 		 1527 aa  117  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.77 
 
 		 921 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  42.04 
 
 		 181 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  45.4 
 
 		 616 aa  115  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  42.33 
 
 		 1433 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  44.23 
 
 		 570 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  42.24 
 
 		 1367 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  42.24 
 
 		 1367 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  41.98 
 
 		 578 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  37.06 
 
 		 1421 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  42.41 
 
 		 1426 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.99 
 
 		 476 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 170 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  35.42 
 
 		 1465 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  41.46 
 
 		 590 aa  112  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.97 
 
 		 196 aa  112  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  39.26 
 
 		 1464 aa  111  9e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 		 463 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.92 
 
 		 769 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  40.85 
 
 		 551 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  34.86 
 
 		 707 aa  108  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.22 
 
 		 584 aa  108  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  41.21 
 
 		 617 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  42.66 
 
 		 560 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.76 
 
 		 595 aa  107  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  38.61 
 
 		 299 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 315 aa  106  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 315 aa  105  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 315 aa  105  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  37.97 
 
 		 315 aa  105  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 		 1443 aa  105  4e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>