More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2344 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
208 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
208 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  99.52 
 
 
208 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  98.56 
 
 
208 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.77 
 
 
212 aa  350  8e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.58 
 
 
229 aa  338  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.07 
 
 
239 aa  339  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.31 
 
 
212 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.64 
 
 
229 aa  334  5e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.35 
 
 
215 aa  296  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  65.35 
 
 
208 aa  290  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.86 
 
 
205 aa  284  8e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  63 
 
 
203 aa  270  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  61.58 
 
 
227 aa  262  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  61.42 
 
 
204 aa  259  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  60.91 
 
 
204 aa  254  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.2 
 
 
204 aa  248  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 
208 aa  248  4e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 
218 aa  248  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  58.13 
 
 
215 aa  247  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  62.12 
 
 
222 aa  246  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.94 
 
 
219 aa  241  7e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.51 
 
 
204 aa  239  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.94 
 
 
214 aa  238  5e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.57 
 
 
204 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.07 
 
 
204 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.25 
 
 
204 aa  201  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.24 
 
 
204 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  48.22 
 
 
203 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  46.73 
 
 
204 aa  188  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.51 
 
 
203 aa  188  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.54 
 
 
212 aa  188  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.83 
 
 
212 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.83 
 
 
212 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  44.78 
 
 
205 aa  185  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.73 
 
 
203 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 
205 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 
205 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 
203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.96 
 
 
211 aa  167  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  52.6 
 
 
208 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  44.66 
 
 
203 aa  166  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.69 
 
 
203 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 
199 aa  164  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 
201 aa  164  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.64 
 
 
159 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.3 
 
 
210 aa  154  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 
218 aa  143  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  42.44 
 
 
218 aa  143  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  42 
 
 
221 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.21 
 
 
211 aa  136  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.71 
 
 
565 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  41.62 
 
 
1444 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.26 
 
 
1433 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  38.55 
 
 
168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  40.34 
 
 
1435 aa  108  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1433 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  39.18 
 
 
970 aa  106  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  36.97 
 
 
170 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.72 
 
 
921 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  38.85 
 
 
181 aa  105  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.5 
 
 
1407 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
180 aa  103  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.32 
 
 
921 aa  102  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  40.48 
 
 
1433 aa  102  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  34.97 
 
 
180 aa  101  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.37 
 
 
1426 aa  101  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.5 
 
 
239 aa  101  8e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.54 
 
 
909 aa  99.4  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
463 aa  98.6  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
196 aa  98.2  8e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.57 
 
 
1397 aa  97.4  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 
205 aa  97.1  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  34.48 
 
 
1635 aa  96.7  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  33.68 
 
 
1365 aa  96.3  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.18 
 
 
453 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
252 aa  96.3  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1442 aa  95.9  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.18 
 
 
769 aa  95.9  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  35.12 
 
 
1402 aa  95.5  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  36.65 
 
 
1421 aa  95.5  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  35.43 
 
 
1464 aa  95.1  6e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.2 
 
 
300 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.87 
 
 
1367 aa  94  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.87 
 
 
1367 aa  94  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  34.86 
 
 
1436 aa  93.2  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  34.2 
 
 
1438 aa  93.2  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  37.82 
 
 
720 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  34.2 
 
 
1438 aa  93.2  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  34.76 
 
 
1465 aa  93.2  2e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  38.95 
 
 
585 aa  93.2  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  33.86 
 
 
1388 aa  92.8  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>