More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0024 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 210 aa  431  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  70.87 
 
 		 208 aa  291  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.55 
 
 		 204 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  54.77 
 
 		 203 aa  201  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.49 
 
 		 203 aa  201  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.66 
 
 		 203 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.07 
 
 		 199 aa  194  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  52.2 
 
 		 203 aa  194  7e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  49.76 
 
 		 204 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.82 
 
 		 203 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.68 
 
 		 211 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.29 
 
 		 204 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.2 
 
 		 201 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  55.45 
 
 		 218 aa  187  9e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.45 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  56.44 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.55 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.5 
 
 		 204 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.59 
 
 		 203 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.74 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.74 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  49.75 
 
 		 222 aa  177  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.34 
 
 		 212 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  45 
 
 		 204 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.34 
 
 		 212 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  45 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  44.5 
 
 		 205 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.89 
 
 		 215 aa  169  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.43 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.04 
 
 		 218 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.71 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  41.55 
 
 		 204 aa  162  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  44.9 
 
 		 227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  41.75 
 
 		 204 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  41.18 
 
 		 203 aa  156  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.89 
 
 		 212 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.85 
 
 		 212 aa  155  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  45.66 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.3 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.13 
 
 		 214 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.6 
 
 		 208 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.3 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.3 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.85 
 
 		 239 aa  153  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.5 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.85 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.55 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.62 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 215 aa  142  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  47.85 
 
 		 570 aa  123  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  46.39 
 
 		 601 aa  122  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.71 
 
 		 605 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.99 
 
 		 631 aa  120  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  46.33 
 
 		 616 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  45.4 
 
 		 584 aa  118  7e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.01 
 
 		 609 aa  117  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  46.63 
 
 		 574 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  41.41 
 
 		 584 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  42.7 
 
 		 578 aa  115  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  46.29 
 
 		 617 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  42.86 
 
 		 601 aa  114  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  46.71 
 
 		 566 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39.88 
 
 		 1433 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  45.78 
 
 		 590 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.98 
 
 		 595 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.64 
 
 		 584 aa  112  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  44.91 
 
 		 574 aa  112  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.34 
 
 		 565 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.35 
 
 		 595 aa  109  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.51 
 
 		 453 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.72 
 
 		 769 aa  108  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.51 
 
 		 453 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.33 
 
 		 398 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.78 
 
 		 378 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  38.6 
 
 		 170 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  38.94 
 
 		 578 aa  105  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.94 
 
 		 610 aa  105  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  43.98 
 
 		 603 aa  104  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.25 
 
 		 462 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.82 
 
 		 475 aa  104  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.78 
 
 		 375 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.78 
 
 		 375 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.78 
 
 		 375 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.11 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  44.38 
 
 		 630 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.46 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  35.15 
 
 		 457 aa  102  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 		 196 aa  102  6e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.89 
 
 		 174 aa  101  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  41.77 
 
 		 181 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  43.98 
 
 		 630 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  43.98 
 
 		 630 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.49 
 
 		 909 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.61 
 
 		 921 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  43.03 
 
 		 585 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.6 
 
 		 392 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.42 
 
 		 482 aa  99.8  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.04 
 
 		 1397 aa  98.2  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>