More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4665 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  100 
 
 		 204 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  93.1 
 
 		 204 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  72.64 
 
 		 203 aa  322  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.15 
 
 		 201 aa  287  8e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.84 
 
 		 203 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.34 
 
 		 211 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.33 
 
 		 204 aa  275  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.19 
 
 		 203 aa  249  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.21 
 
 		 199 aa  244  6e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.36 
 
 		 203 aa  238  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  55.61 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.39 
 
 		 203 aa  228  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 212 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.78 
 
 		 205 aa  207  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.78 
 
 		 205 aa  207  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  49.49 
 
 		 205 aa  207  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  53.89 
 
 		 208 aa  204  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  50.25 
 
 		 222 aa  204  9e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.75 
 
 		 215 aa  203  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.13 
 
 		 214 aa  194  6e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.03 
 
 		 218 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  52.53 
 
 		 218 aa  193  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.76 
 
 		 210 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  48.22 
 
 		 227 aa  191  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  51.24 
 
 		 221 aa  191  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  46.97 
 
 		 204 aa  191  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 218 aa  190  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  47.47 
 
 		 204 aa  189  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.62 
 
 		 219 aa  188  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.73 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.73 
 
 		 208 aa  188  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 		 205 aa  188  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.94 
 
 		 208 aa  187  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.94 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  49.46 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 212 aa  186  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.89 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.27 
 
 		 204 aa  185  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.52 
 
 		 211 aa  185  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.92 
 
 		 204 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  44.39 
 
 		 215 aa  181  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.5 
 
 		 229 aa  178  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 212 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.64 
 
 		 204 aa  177  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  42.86 
 
 		 203 aa  168  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.61 
 
 		 565 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.15 
 
 		 159 aa  120  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  37.04 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.12 
 
 		 1433 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 		 769 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.75 
 
 		 168 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.36 
 
 		 456 aa  105  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.63 
 
 		 921 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 170 aa  104  8e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  34.19 
 
 		 1442 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  38 
 
 		 180 aa  102  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.06 
 
 		 715 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.91 
 
 		 470 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  39.02 
 
 		 720 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  35.94 
 
 		 584 aa  98.2  8e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 		 453 aa  97.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.71 
 
 		 449 aa  97.4  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.22 
 
 		 1426 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.88 
 
 		 463 aa  96.7  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33 
 
 		 934 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  35.12 
 
 		 1397 aa  96.3  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  37.72 
 
 		 1444 aa  95.9  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.54 
 
 		 174 aa  95.5  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  37.11 
 
 		 616 aa  94  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.5 
 
 		 1407 aa  94  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  36.42 
 
 		 909 aa  94  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.16 
 
 		 462 aa  94.4  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  36 
 
 		 457 aa  93.6  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  33.53 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.36 
 
 		 476 aa  93.6  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  33.13 
 
 		 180 aa  93.6  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  33.97 
 
 		 570 aa  92.4  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 456 aa  92.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 196 aa  92.4  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.68 
 
 		 930 aa  92.4  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 		 459 aa  92.4  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33 
 
 		 934 aa  92  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33 
 
 		 934 aa  92  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.31 
 
 		 482 aa  92  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.53 
 
 		 934 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.53 
 
 		 934 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 		 453 aa  91.7  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.08 
 
 		 584 aa  91.7  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  90.9  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  35 
 
 		 601 aa  91.3  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.51 
 
 		 934 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.39 
 
 		 954 aa  90.1  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>