More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4261 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 275 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  54.1 
 
 		 292 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  51.3 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  52.04 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  51.3 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.3 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  52.04 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  51.3 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  51.3 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  51.3 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  50.93 
 
 		 295 aa  245  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.432222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  49.63 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  49.63 
 
 		 293 aa  234  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  49.62 
 
 		 293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  49.62 
 
 		 293 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  49.25 
 
 		 293 aa  231  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  49.62 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.28 
 
 		 470 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.32 
 
 		 476 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.05 
 
 		 463 aa  192  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.38 
 
 		 453 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  42.75 
 
 		 530 aa  188  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.97 
 
 		 462 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.16 
 
 		 481 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.98 
 
 		 530 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.4 
 
 		 466 aa  175  8e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.33 
 
 		 502 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 		 482 aa  112  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0363  excinuclease ABC subunit C  29.59 
 
 		 593 aa  88.2  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0205  excinuclease ABC subunit C  31.75 
 
 		 614 aa  85.9  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0351181  normal  0.308964 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2013  excinuclease ABC subunit C  31.22 
 
 		 614 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.117598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1822  excinuclease ABC subunit C  31.12 
 
 		 521 aa  83.6  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.201866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1161  excinuclease ABC subunit C  30.89 
 
 		 520 aa  82.8  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.342266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1257  excinuclease ABC, C subunit  32.78 
 
 		 677 aa  82.4  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0087  excinuclease ABC subunit C  30.73 
 
 		 576 aa  81.3  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.139428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2316  excinuclease ABC subunit C  30.16 
 
 		 645 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.682688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1124  excinuclease ABC subunit C  35.03 
 
 		 616 aa  81.6  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.957907  decreased coverage  0.0034731 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.47 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2709  excinuclease ABC subunit C  30.21 
 
 		 519 aa  80.9  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.890107  normal  0.0209335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 		 574 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  31.44 
 
 		 623 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  31.44 
 
 		 608 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2520  excinuclease ABC subunit C  34.04 
 
 		 635 aa  80.1  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1652  excinuclease ABC subunit C  29.56 
 
 		 616 aa  79.7  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0154  excinuclease ABC subunit C  28.95 
 
 		 605 aa  79  0.00000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.168899  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  31.58 
 
 		 644 aa  79  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0851  excinuclease ABC subunit C  28.8 
 
 		 740 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00444649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0859  hypothetical protein  26.4 
 
 		 598 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2010  excinuclease ABC subunit C  31.98 
 
 		 611 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  30.35 
 
 		 617 aa  77.4  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000011349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3248  excinuclease ABC subunit C  31.77 
 
 		 617 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.153622  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4046  excinuclease ABC subunit C  32.65 
 
 		 649 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  27.32 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0485  excinuclease ABC subunit C  28.04 
 
 		 628 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2175  excinuclease ABC subunit C  31.58 
 
 		 688 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.286452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  32.32 
 
 		 674 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0710  excinuclease ABC subunit C  28.5 
 
 		 631 aa  75.5  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.314555  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3071  excinuclease ABC subunit C  30.3 
 
 		 666 aa  75.5  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3279  excinuclease ABC subunit C  32.5 
 
 		 613 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1023  excinuclease ABC subunit C  31.82 
 
 		 684 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5031  excinuclease ABC, C subunit  27.18 
 
 		 603 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1074  excinuclease ABC subunit C  31.38 
 
 		 623 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.969621  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2735  excinuclease ABC subunit C  31.38 
 
 		 623 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.0935486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2244  excinuclease ABC subunit C  30.05 
 
 		 671 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.208869  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.73 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.73 
 
 		 565 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0175  excinuclease ABC, subunit C  26.57 
 
 		 596 aa  74.7  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.149834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1019  excinuclease ABC subunit C  31.82 
 
 		 684 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114773  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  33.15 
 
 		 590 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1283  excinuclease ABC subunit C  29.38 
 
 		 596 aa  74.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4113  excinuclease ABC C subunit domain protein  27.6 
 
 		 465 aa  74.3  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0553  excinuclease ABC subunit C  32.63 
 
 		 612 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000014331  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0663  excinuclease ABC subunit C  31.31 
 
 		 681 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.912465  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  31.38 
 
 		 633 aa  74.7  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  31.31 
 
 		 681 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1627  excinuclease ABC subunit C  27.69 
 
 		 649 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2063  excinuclease ABC subunit C  30.05 
 
 		 627 aa  74.7  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.760061  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  31.25 
 
 		 607 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  31.31 
 
 		 677 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3228  excinuclease ABC subunit C  35.56 
 
 		 614 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0438177  normal  0.345048 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1246  excinuclease ABC subunit C  30.32 
 
 		 565 aa  73.9  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3961  excinuclease ABC subunit C  31.35 
 
 		 623 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00581214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  31.31 
 
 		 682 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.82 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0845  excinuclease ABC, C subunit  32.47 
 
 		 620 aa  73.2  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.866518  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0063  excinuclease ABC, C subunit  30.77 
 
 		 641 aa  72.8  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  32.18 
 
 		 666 aa  72.8  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1001  excinuclease ABC subunit C  31.5 
 
 		 657 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1993  excinuclease ABC subunit C  28.86 
 
 		 599 aa  72.4  0.000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.589477 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1712  excinuclease ABC, C subunit  32.94 
 
 		 692 aa  72.4  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2244  excinuclease ABC subunit C  32.63 
 
 		 663 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1044  excinuclease ABC, C subunit  28.04 
 
 		 616 aa  72.4  0.000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00420676  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2375  excinuclease ABC subunit C  32.57 
 
 		 626 aa  72.4  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.467747  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1057  excinuclease ABC subunit C  26.53 
 
 		 615 aa  72.4  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000568653  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0365  excinuclease ABC subunit C  30.05 
 
 		 636 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.312712  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1091  excinuclease ABC subunit C  31.64 
 
 		 617 aa  72  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1772  excinuclease ABC subunit C  28 
 
 		 628 aa  72  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.736337 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  31.38 
 
 		 674 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1120  excinuclease ABC subunit C  31.64 
 
 		 617 aa  72  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114931  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>