More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0562 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.96 
 
 		 930 aa  639    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 921 aa  1835    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.8 
 
 		 957 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.04 
 
 		 921 aa  551  1e-155  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 		 956 aa  530  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.94 
 
 		 934 aa  523  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  35.26 
 
 		 929 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.01 
 
 		 960 aa  515  1e-144  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.95 
 
 		 944 aa  510  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 		 934 aa  492  1e-137  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 		 934 aa  492  1e-137  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.33 
 
 		 934 aa  488  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.33 
 
 		 934 aa  488  1e-136  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.08 
 
 		 934 aa  483  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.08 
 
 		 934 aa  484  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.08 
 
 		 934 aa  483  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.94 
 
 		 934 aa  480  1e-134  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.05 
 
 		 934 aa  476  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.16 
 
 		 934 aa  478  1e-133  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.47 
 
 		 952 aa  479  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.7 
 
 		 929 aa  463  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.64 
 
 		 921 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  39.14 
 
 		 851 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  38.56 
 
 		 838 aa  412  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.53 
 
 		 909 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  33.72 
 
 		 822 aa  394  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  36.55 
 
 		 843 aa  379  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  36.9 
 
 		 876 aa  376  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  33.79 
 
 		 843 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  36.34 
 
 		 646 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  36.95 
 
 		 840 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  35.91 
 
 		 661 aa  367  1e-100  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  38.35 
 
 		 659 aa  366  1e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  37.32 
 
 		 729 aa  363  6e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  35.17 
 
 		 830 aa  363  9e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  34.88 
 
 		 830 aa  362  1e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  31.18 
 
 		 709 aa  359  9.999999999999999e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  36.48 
 
 		 674 aa  357  5e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  30.16 
 
 		 832 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  30.96 
 
 		 846 aa  348  2e-94  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  33.03 
 
 		 636 aa  346  1e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  38.3 
 
 		 641 aa  343  9e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  38.3 
 
 		 641 aa  343  9e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  31.73 
 
 		 681 aa  343  1e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  38.2 
 
 		 640 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  35.38 
 
 		 698 aa  338  2.9999999999999997e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  35.35 
 
 		 647 aa  337  5e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  36.43 
 
 		 725 aa  336  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  36.73 
 
 		 713 aa  335  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  35.28 
 
 		 725 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  37.39 
 
 		 633 aa  334  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  37.6 
 
 		 633 aa  332  2e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  37.5 
 
 		 631 aa  331  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  38.33 
 
 		 651 aa  328  3e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  35.7 
 
 		 650 aa  327  5e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.18 
 
 		 927 aa  325  2e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  35.61 
 
 		 650 aa  325  3e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.91 
 
 		 641 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  37.31 
 
 		 757 aa  317  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  33.43 
 
 		 658 aa  316  9.999999999999999e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  34.46 
 
 		 646 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  33.48 
 
 		 646 aa  316  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  33.08 
 
 		 636 aa  314  3.9999999999999997e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  33.28 
 
 		 644 aa  312  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  35.5 
 
 		 643 aa  312  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.66 
 
 		 986 aa  312  2e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  35.36 
 
 		 636 aa  311  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  35.34 
 
 		 636 aa  310  8e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  34.07 
 
 		 651 aa  310  8e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  35.39 
 
 		 653 aa  310  8e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  35.26 
 
 		 636 aa  310  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  37.13 
 
 		 751 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  35.34 
 
 		 636 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  36.91 
 
 		 635 aa  309  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  35.2 
 
 		 636 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  34.13 
 
 		 634 aa  309  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  34.13 
 
 		 634 aa  308  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  35.2 
 
 		 636 aa  308  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  35.34 
 
 		 636 aa  308  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  35.2 
 
 		 636 aa  308  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.75 
 
 		 978 aa  307  6e-82  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  34.03 
 
 		 652 aa  307  7e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  35.2 
 
 		 636 aa  306  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  35.19 
 
 		 636 aa  306  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  33.19 
 
 		 669 aa  306  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  34.03 
 
 		 652 aa  305  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  36.79 
 
 		 755 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  33.19 
 
 		 669 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  35.98 
 
 		 670 aa  304  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  35.43 
 
 		 743 aa  303  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  33.83 
 
 		 645 aa  302  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  33.87 
 
 		 646 aa  301  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  32.38 
 
 		 707 aa  299  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  33.28 
 
 		 640 aa  300  1e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  34.01 
 
 		 639 aa  300  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>