More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_28440 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  100 
 
 		 986 aa  2045    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.06 
 
 		 978 aa  684    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  48.89 
 
 		 1043 aa  993    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.96 
 
 		 966 aa  1150    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.46 
 
 		 927 aa  347  7e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.67 
 
 		 934 aa  333  7.000000000000001e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.53 
 
 		 952 aa  318  3e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.16 
 
 		 921 aa  315  3.9999999999999997e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 		 921 aa  306  2.0000000000000002e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.04 
 
 		 929 aa  291  4e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 		 934 aa  291  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 		 934 aa  291  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 		 934 aa  291  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 		 934 aa  288  5e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  25.77 
 
 		 934 aa  287  7e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.5 
 
 		 934 aa  287  7e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  25.77 
 
 		 934 aa  287  7e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.03 
 
 		 934 aa  286  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  31.38 
 
 		 851 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  25.93 
 
 		 934 aa  283  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.31 
 
 		 934 aa  281  4e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  26.68 
 
 		 822 aa  266  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  28.21 
 
 		 838 aa  266  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  28.82 
 
 		 843 aa  262  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.82 
 
 		 921 aa  260  8e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  29.07 
 
 		 876 aa  259  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  29.1 
 
 		 843 aa  253  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  28.53 
 
 		 840 aa  250  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  26.22 
 
 		 832 aa  245  3e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  29.77 
 
 		 651 aa  243  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  29.65 
 
 		 668 aa  241  5e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  26.76 
 
 		 929 aa  238  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  25.96 
 
 		 846 aa  234  5e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  29.24 
 
 		 646 aa  229  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  28.35 
 
 		 659 aa  225  4e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  27.78 
 
 		 646 aa  219  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  27.75 
 
 		 660 aa  219  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  28.98 
 
 		 658 aa  218  5e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.98 
 
 		 960 aa  217  7e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  28.57 
 
 		 646 aa  217  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  28.03 
 
 		 754 aa  215  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  28.35 
 
 		 674 aa  214  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  28.49 
 
 		 743 aa  212  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  27.44 
 
 		 729 aa  213  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  25.24 
 
 		 667 aa  211  5e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  29.11 
 
 		 698 aa  209  3e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  26.3 
 
 		 709 aa  207  9e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 		 956 aa  204  7e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.71 
 
 		 641 aa  204  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  27.66 
 
 		 631 aa  203  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  27.68 
 
 		 653 aa  203  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.42 
 
 		 930 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  27.6 
 
 		 633 aa  201  6e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  27.43 
 
 		 633 aa  201  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  27.11 
 
 		 755 aa  200  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.4 
 
 		 944 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  26.59 
 
 		 751 aa  197  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  28.45 
 
 		 714 aa  196  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  27.3 
 
 		 652 aa  188  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  26.91 
 
 		 652 aa  187  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  27.13 
 
 		 666 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  26.93 
 
 		 640 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  28.71 
 
 		 673 aa  184  9.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  26.66 
 
 		 640 aa  179  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  24.1 
 
 		 902 aa  177  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.34 
 
 		 909 aa  172  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.14 
 
 		 957 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  25.57 
 
 		 712 aa  166  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  26.92 
 
 		 692 aa  162  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.93 
 
 		 691 aa  162  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  26.14 
 
 		 721 aa  154  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.41 
 
 		 703 aa  149  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  33.73 
 
 		 661 aa  144  6e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1543  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  22.07 
 
 		 897 aa  144  6e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.959984  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1514  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  22.07 
 
 		 897 aa  144  6e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.103927  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  31.72 
 
 		 681 aa  144  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  27.02 
 
 		 954 aa  141  4.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  32.86 
 
 		 830 aa  141  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.66 
 
 		 726 aa  141  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.66 
 
 		 726 aa  140  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1030  Rad3-related DNA helicase  24.44 
 
 		 937 aa  140  8.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0174435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  24.66 
 
 		 726 aa  140  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  32.86 
 
 		 830 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  34.73 
 
 		 651 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2617  helicase c2  30.45 
 
 		 668 aa  138  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  38.02 
 
 		 646 aa  137  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  35.63 
 
 		 634 aa  135  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  30.9 
 
 		 658 aa  135  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  32.3 
 
 		 685 aa  135  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  25.66 
 
 		 701 aa  135  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  34.59 
 
 		 643 aa  134  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  32.56 
 
 		 636 aa  133  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  33.6 
 
 		 647 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  34.6 
 
 		 644 aa  132  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  34.33 
 
 		 636 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  34.33 
 
 		 636 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  34.33 
 
 		 636 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  34.33 
 
 		 636 aa  131  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  34.33 
 
 		 636 aa  131  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  38.94 
 
 		 664 aa  131  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>