More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0188 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  100 
 
 		 659 aa  1357    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  42.75 
 
 		 661 aa  486  1e-136  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  40.53 
 
 		 876 aa  475  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  39.25 
 
 		 840 aa  452  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  38.24 
 
 		 838 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  38.99 
 
 		 843 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  40.37 
 
 		 729 aa  432  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  38.67 
 
 		 843 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  38.69 
 
 		 851 aa  420  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  35.38 
 
 		 822 aa  413  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  33.1 
 
 		 832 aa  414  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  39.16 
 
 		 698 aa  401  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  38.51 
 
 		 640 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.68 
 
 		 957 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  34.68 
 
 		 846 aa  387  1e-106  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  36.53 
 
 		 650 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  38.45 
 
 		 646 aa  387  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  37.67 
 
 		 674 aa  385  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  36.38 
 
 		 650 aa  385  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  36.91 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  36.81 
 
 		 646 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.43 
 
 		 927 aa  374  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  38.03 
 
 		 631 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  37.4 
 
 		 646 aa  373  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  37.78 
 
 		 633 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  33.91 
 
 		 709 aa  372  1e-101  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  37.74 
 
 		 649 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  37.16 
 
 		 633 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  33.74 
 
 		 636 aa  366  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.44 
 
 		 952 aa  365  1e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.08 
 
 		 960 aa  365  1e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  35.96 
 
 		 707 aa  365  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  35.65 
 
 		 647 aa  364  2e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  36.43 
 
 		 644 aa  364  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  37.44 
 
 		 643 aa  364  3e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  35.54 
 
 		 660 aa  364  4e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.33 
 
 		 921 aa  362  2e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  36.69 
 
 		 639 aa  360  5e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  37.83 
 
 		 636 aa  360  6e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  35.38 
 
 		 646 aa  360  7e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  36.48 
 
 		 830 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.09 
 
 		 921 aa  356  8.999999999999999e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  33.92 
 
 		 929 aa  356  8.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  34.55 
 
 		 668 aa  355  1e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  36.23 
 
 		 653 aa  355  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  37.08 
 
 		 636 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  37.08 
 
 		 636 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  35.95 
 
 		 743 aa  353  8e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  37.11 
 
 		 635 aa  352  1e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  35.91 
 
 		 651 aa  351  2e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  34.39 
 
 		 651 aa  351  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  36.92 
 
 		 636 aa  350  4e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  35.1 
 
 		 725 aa  350  4e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  35.72 
 
 		 830 aa  350  4e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.85 
 
 		 956 aa  350  6e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 		 930 aa  349  7e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  36.92 
 
 		 636 aa  349  8e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  36.52 
 
 		 634 aa  348  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.47 
 
 		 944 aa  347  3e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  33.38 
 
 		 636 aa  347  3e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  34.66 
 
 		 725 aa  347  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  36.11 
 
 		 634 aa  347  4e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  36.11 
 
 		 634 aa  347  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  36.11 
 
 		 634 aa  346  8e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  37.39 
 
 		 649 aa  345  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  36.73 
 
 		 639 aa  345  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  35.61 
 
 		 641 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  35.61 
 
 		 641 aa  344  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.57 
 
 		 934 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  36.31 
 
 		 636 aa  344  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  34.81 
 
 		 713 aa  343  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  36.31 
 
 		 636 aa  344  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  35.81 
 
 		 636 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  36.31 
 
 		 636 aa  344  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  36.31 
 
 		 636 aa  343  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  34.45 
 
 		 754 aa  342  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  35.74 
 
 		 639 aa  341  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.89 
 
 		 641 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  35.31 
 
 		 640 aa  341  2.9999999999999998e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  37.48 
 
 		 649 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  33.64 
 
 		 647 aa  336  9e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  36.06 
 
 		 639 aa  336  9e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  36.15 
 
 		 675 aa  335  2e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  35.5 
 
 		 666 aa  334  4e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  35.56 
 
 		 681 aa  332  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  33.64 
 
 		 662 aa  331  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  33.84 
 
 		 755 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  34.7 
 
 		 665 aa  327  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  33.33 
 
 		 751 aa  326  9e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  34.45 
 
 		 645 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  35.96 
 
 		 658 aa  326  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  36.45 
 
 		 675 aa  324  4e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  36.45 
 
 		 675 aa  323  4e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  33.03 
 
 		 652 aa  323  7e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  34.22 
 
 		 670 aa  323  7e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>