More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3770 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  64.64 
 
 		 840 aa  1104    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  100 
 
 		 830 aa  1701    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  51.69 
 
 		 851 aa  843    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  65.35 
 
 		 876 aa  1111    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  69.39 
 
 		 843 aa  1217    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  52.71 
 
 		 843 aa  879    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  51.6 
 
 		 838 aa  831    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  98.19 
 
 		 830 aa  1667    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  38.08 
 
 		 846 aa  581  1e-164  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  36.44 
 
 		 832 aa  560  1e-158  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  34.89 
 
 		 822 aa  525  1e-147  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 956 aa  455  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.73 
 
 		 944 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  35.71 
 
 		 709 aa  437  1e-121  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 		 934 aa  424  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  37.82 
 
 		 659 aa  411  1e-113  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.93 
 
 		 927 aa  398  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.69 
 
 		 957 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 		 960 aa  386  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  35.06 
 
 		 729 aa  385  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  34.47 
 
 		 674 aa  373  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  36.26 
 
 		 661 aa  372  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.17 
 
 		 921 aa  363  6e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.63 
 
 		 930 aa  363  6e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.23 
 
 		 921 aa  361  4e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  34 
 
 		 660 aa  350  7e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.31 
 
 		 952 aa  342  1e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  33.14 
 
 		 643 aa  342  2e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.48 
 
 		 929 aa  342  2e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  33.63 
 
 		 639 aa  338  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  32.81 
 
 		 639 aa  335  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  36.05 
 
 		 633 aa  335  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  33.05 
 
 		 653 aa  335  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  33.05 
 
 		 754 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.43 
 
 		 651 aa  330  7e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  31.47 
 
 		 644 aa  328  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  34.99 
 
 		 633 aa  328  3e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  33.57 
 
 		 640 aa  327  7e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  32.52 
 
 		 646 aa  325  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 		 934 aa  323  5e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 		 934 aa  324  5e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  33.24 
 
 		 725 aa  323  6e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  32.05 
 
 		 646 aa  323  8e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  31.26 
 
 		 646 aa  323  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  32.91 
 
 		 725 aa  319  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  32.13 
 
 		 651 aa  319  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  34.85 
 
 		 635 aa  319  2e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  32.14 
 
 		 662 aa  318  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 		 934 aa  318  3e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  32.47 
 
 		 652 aa  318  3e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 		 934 aa  318  3e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.67 
 
 		 934 aa  317  4e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.67 
 
 		 934 aa  317  4e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  31.55 
 
 		 646 aa  317  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.67 
 
 		 934 aa  317  5e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  34.49 
 
 		 698 aa  317  5e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  32.47 
 
 		 640 aa  316  9e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  32.48 
 
 		 713 aa  316  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  32.33 
 
 		 652 aa  316  9.999999999999999e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 		 934 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.69 
 
 		 934 aa  315  2.9999999999999996e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 		 934 aa  313  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  32.98 
 
 		 757 aa  312  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  0.000000348035 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  32.43 
 
 		 636 aa  312  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  30.84 
 
 		 755 aa  310  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  0.000000000263353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  33.04 
 
 		 751 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.21 
 
 		 929 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  32.12 
 
 		 641 aa  302  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  28.55 
 
 		 667 aa  302  2e-80  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  31.75 
 
 		 668 aa  301  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.96 
 
 		 909 aa  301  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.28 
 
 		 641 aa  300  7e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  31.59 
 
 		 645 aa  298  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  32.32 
 
 		 664 aa  295  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.72 
 
 		 921 aa  293  9e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  31.2 
 
 		 641 aa  291  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  34.51 
 
 		 673 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  31.59 
 
 		 658 aa  283  8.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  30.99 
 
 		 641 aa  283  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  30.61 
 
 		 668 aa  281  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  31.62 
 
 		 645 aa  277  5e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.2 
 
 		 692 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.83 
 
 		 691 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  29.8 
 
 		 629 aa  274  6e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  31.24 
 
 		 685 aa  273  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  30.29 
 
 		 714 aa  272  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.21 
 
 		 690 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.21 
 
 		 690 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.21 
 
 		 690 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.21 
 
 		 690 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.64 
 
 		 690 aa  271  5e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  29.81 
 
 		 644 aa  270  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  30.93 
 
 		 691 aa  266  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.67 
 
 		 692 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.47 
 
 		 690 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  30.86 
 
 		 666 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.66 
 
 		 690 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.88 
 
 		 691 aa  263  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.32 
 
 		 694 aa  256  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.35 
 
 		 703 aa  256  2.0000000000000002e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>