More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0363 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  100 
 
 		 840 aa  1697    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  64.87 
 
 		 830 aa  1079    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  54.83 
 
 		 851 aa  900    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  82.48 
 
 		 876 aa  1430    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  70.7 
 
 		 843 aa  1230    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  53.16 
 
 		 838 aa  867    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  54.31 
 
 		 843 aa  907    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  64.64 
 
 		 830 aa  1083    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  37.12 
 
 		 832 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  36.91 
 
 		 846 aa  566  1e-160  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  37.97 
 
 		 822 aa  561  1e-158  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.33 
 
 		 956 aa  454  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.86 
 
 		 934 aa  450  1e-125  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  39.25 
 
 		 659 aa  446  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  35.71 
 
 		 709 aa  440  9.999999999999999e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.46 
 
 		 944 aa  429  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.66 
 
 		 960 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.79 
 
 		 927 aa  407  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 		 930 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  36.18 
 
 		 661 aa  382  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  36.71 
 
 		 729 aa  380  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.79 
 
 		 921 aa  374  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.95 
 
 		 921 aa  362  2e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  34.33 
 
 		 650 aa  355  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  34.19 
 
 		 650 aa  353  8e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.9 
 
 		 952 aa  352  1e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  34.57 
 
 		 646 aa  351  3e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  32.44 
 
 		 929 aa  344  4e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  34.43 
 
 		 640 aa  328  4.0000000000000003e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  33.51 
 
 		 743 aa  327  7e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.62 
 
 		 651 aa  324  5e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.62 
 
 		 934 aa  320  6e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.62 
 
 		 934 aa  319  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  32.91 
 
 		 647 aa  319  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  32.24 
 
 		 646 aa  317  4e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  32.64 
 
 		 725 aa  317  6e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.99 
 
 		 909 aa  317  6e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  32.64 
 
 		 725 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  29.11 
 
 		 667 aa  315  1.9999999999999998e-84  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.33 
 
 		 934 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.27 
 
 		 934 aa  314  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.29 
 
 		 934 aa  312  2e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.29 
 
 		 934 aa  312  2e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.13 
 
 		 934 aa  312  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 934 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 934 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 934 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  32.01 
 
 		 645 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  30.06 
 
 		 681 aa  308  2.0000000000000002e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.08 
 
 		 929 aa  308  3e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  33.93 
 
 		 755 aa  308  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  35.04 
 
 		 673 aa  302  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.79 
 
 		 921 aa  301  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  30.43 
 
 		 641 aa  300  6e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  33.81 
 
 		 664 aa  300  6e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  30.61 
 
 		 751 aa  300  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  31.7 
 
 		 652 aa  296  8e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  32.02 
 
 		 641 aa  296  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  31.41 
 
 		 652 aa  285  3.0000000000000004e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.86 
 
 		 691 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.25 
 
 		 694 aa  280  9e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.71 
 
 		 691 aa  279  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  33.38 
 
 		 658 aa  276  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.95 
 
 		 729 aa  275  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.22 
 
 		 690 aa  275  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.04 
 
 		 758 aa  275  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.02 
 
 		 691 aa  273  7e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.84 
 
 		 690 aa  271  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.89 
 
 		 691 aa  271  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.51 
 
 		 692 aa  270  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.47 
 
 		 690 aa  269  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.45 
 
 		 692 aa  268  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1504  helicase c2  33.83 
 
 		 672 aa  267  5e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328202  normal  0.416282 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  31.51 
 
 		 691 aa  267  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.81 
 
 		 690 aa  267  7e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.74 
 
 		 721 aa  266  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.14 
 
 		 690 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.14 
 
 		 690 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.14 
 
 		 690 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.14 
 
 		 690 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  31.86 
 
 		 670 aa  264  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.62 
 
 		 703 aa  264  6e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  31.35 
 
 		 666 aa  263  8e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.01 
 
 		 692 aa  263  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.16 
 
 		 741 aa  262  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0280  helicase c2  32.68 
 
 		 683 aa  262  2e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0332575 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.73 
 
 		 712 aa  259  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  29.47 
 
 		 668 aa  258  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0323  helicase c2  32.31 
 
 		 699 aa  258  3e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323796 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.29 
 
 		 707 aa  256  9e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.62 
 
 		 725 aa  256  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  30.97 
 
 		 714 aa  256  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.87 
 
 		 711 aa  254  6e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.51 
 
 		 714 aa  251  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.37 
 
 		 714 aa  251  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.53 
 
 		 986 aa  250  8e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.32 
 
 		 686 aa  249  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.02 
 
 		 1043 aa  248  3e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  30.33 
 
 		 714 aa  245  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.19 
 
 		 714 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>