More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1505 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  100 
 
 		 616 aa  1212    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.05 
 
 		 769 aa  272  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.59 
 
 		 719 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.65 
 
 		 722 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.12 
 
 		 706 aa  247  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.9 
 
 		 731 aa  244  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.76 
 
 		 729 aa  239  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  34.64 
 
 		 729 aa  234  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  48.89 
 
 		 707 aa  213  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.48 
 
 		 721 aa  210  6e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  39.83 
 
 		 714 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.69 
 
 		 695 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  34.69 
 
 		 695 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.62 
 
 		 695 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  43.94 
 
 		 485 aa  172  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  39.17 
 
 		 719 aa  167  6.9999999999999995e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.1 
 
 		 479 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.79 
 
 		 659 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  38.92 
 
 		 1407 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  40.54 
 
 		 236 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 		 233 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.69 
 
 		 247 aa  130  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  32.08 
 
 		 1435 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  32.08 
 
 		 1367 aa  125  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  32.08 
 
 		 1367 aa  125  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.67 
 
 		 1440 aa  124  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  36.81 
 
 		 1433 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  35.33 
 
 		 1465 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.71 
 
 		 1442 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  32.77 
 
 		 1421 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  34.85 
 
 		 1365 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  40 
 
 		 1362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.64 
 
 		 244 aa  117  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.97 
 
 		 1390 aa  116  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.33 
 
 		 180 aa  114  7.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  36.49 
 
 		 645 aa  113  8.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.21 
 
 		 921 aa  113  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.86 
 
 		 1444 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  36.11 
 
 		 1449 aa  112  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  29.47 
 
 		 1436 aa  111  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  35.23 
 
 		 1447 aa  110  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.72 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.72 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.72 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.72 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.72 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.32 
 
 		 498 aa  110  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.44 
 
 		 233 aa  110  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.71 
 
 		 565 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  35.56 
 
 		 1449 aa  110  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.01 
 
 		 944 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  39.25 
 
 		 601 aa  109  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.86 
 
 		 970 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  32.67 
 
 		 1426 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.2 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 		 1433 aa  108  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  37.64 
 
 		 1527 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.56 
 
 		 239 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.18 
 
 		 570 aa  107  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.2 
 
 		 956 aa  107  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  28.99 
 
 		 1438 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  28.99 
 
 		 1438 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.62 
 
 		 595 aa  105  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  36.07 
 
 		 1388 aa  105  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  27.68 
 
 		 1433 aa  105  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  35.19 
 
 		 617 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  40.19 
 
 		 584 aa  103  8e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  36.26 
 
 		 239 aa  102  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  38.38 
 
 		 578 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.02 
 
 		 186 aa  101  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.86 
 
 		 236 aa  101  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  38.19 
 
 		 590 aa  100  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.02 
 
 		 186 aa  100  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 		 449 aa  100  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.86 
 
 		 241 aa  100  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  38.12 
 
 		 603 aa  100  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  40.25 
 
 		 560 aa  99.8  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  31.6 
 
 		 1432 aa  100  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  25.53 
 
 		 1443 aa  99  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.6 
 
 		 595 aa  99  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  38 
 
 		 574 aa  99.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  36.1 
 
 		 630 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 		 184 aa  98.2  3e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.2 
 
 		 233 aa  98.2  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.87 
 
 		 934 aa  97.8  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  37.22 
 
 		 616 aa  97.1  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 180 aa  97.1  8e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.32 
 
 		 1437 aa  97.1  8e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  34.57 
 
 		 217 aa  97.1  9e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  35.61 
 
 		 630 aa  97.1  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  35.61 
 
 		 630 aa  97.1  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.48 
 
 		 235 aa  96.3  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.3 
 
 		 584 aa  95.9  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.5 
 
 		 205 aa  95.9  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.12 
 
 		 243 aa  95.9  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  28.88 
 
 		 1635 aa  95.9  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  37.7 
 
 		 566 aa  96.3  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>