More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0478 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
184 aa  374  1e-103  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0832  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.38 
 
 
188 aa  203  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0668234  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 
186 aa  186  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 
186 aa  186  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.77 
 
 
187 aa  156  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.46 
 
 
769 aa  118  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.65 
 
 
722 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.2 
 
 
731 aa  104  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  35.93 
 
 
1440 aa  102  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  40.7 
 
 
1390 aa  101  5e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.14 
 
 
1407 aa  101  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.68 
 
 
695 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  34.68 
 
 
695 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 
1367 aa  100  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
719 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 
1367 aa  100  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  32.74 
 
 
485 aa  98.6  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
695 aa  97.8  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  32.53 
 
 
707 aa  97.4  9e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
706 aa  97.4  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
225 aa  95.9  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  32.54 
 
 
729 aa  95.5  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  33.72 
 
 
1436 aa  94.7  7e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  35.54 
 
 
242 aa  94.7  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  33.14 
 
 
1435 aa  94.4  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  32.77 
 
 
1438 aa  93.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  35.5 
 
 
1362 aa  94  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  34.59 
 
 
616 aa  93.6  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.76 
 
 
659 aa  93.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  32.77 
 
 
1438 aa  93.6  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.74 
 
 
226 aa  92.8  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  34.94 
 
 
242 aa  93.2  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  33.33 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 
721 aa  92.8  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 
729 aa  91.7  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
215 aa  91.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.68 
 
 
1433 aa  91.3  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  35.19 
 
 
236 aa  91.3  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.71 
 
 
1365 aa  91.3  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.46 
 
 
204 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  34.94 
 
 
242 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  33.53 
 
 
719 aa  89.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.72 
 
 
201 aa  89.4  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  32.04 
 
 
204 aa  89.4  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.52 
 
 
714 aa  89.4  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.9 
 
 
239 aa  88.6  5e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 
244 aa  88.6  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  32.74 
 
 
1444 aa  88.2  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
230 aa  88.2  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
527 aa  87.8  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  33.73 
 
 
240 aa  87.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
228 aa  87  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  32.16 
 
 
954 aa  87.4  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1030  Rad3-related DNA helicase  35 
 
 
937 aa  87  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0174435  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
244 aa  86.3  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  30.99 
 
 
791 aa  86.7  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 
239 aa  85.5  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
215 aa  85.9  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 
532 aa  85.9  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  32.18 
 
 
1397 aa  86.3  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 
236 aa  85.5  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30.18 
 
 
1433 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  32.95 
 
 
208 aa  85.5  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  32.53 
 
 
244 aa  85.5  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
921 aa  85.5  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30.18 
 
 
1433 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.76 
 
 
909 aa  85.1  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  31.95 
 
 
1465 aa  85.1  6e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  30.06 
 
 
1433 aa  84.7  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.5 
 
 
921 aa  84.7  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
934 aa  84.3  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.84 
 
 
476 aa  84.3  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
934 aa  84.3  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.16 
 
 
934 aa  84.3  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.16 
 
 
934 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  32.53 
 
 
238 aa  84  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  30.68 
 
 
222 aa  84  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
218 aa  84  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.16 
 
 
934 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
230 aa  84  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 
241 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  30.18 
 
 
1433 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  34.86 
 
 
1388 aa  84.3  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  33.73 
 
 
241 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
934 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.48 
 
 
970 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  30.18 
 
 
1433 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.71 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
239 aa  83.2  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
934 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.59 
 
 
1433 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>