More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3611 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
230 aa  463  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.27 
 
 
228 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  60.35 
 
 
230 aa  271  8.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.62 
 
 
243 aa  258  6e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.04 
 
 
237 aa  257  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.9 
 
 
230 aa  256  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.03 
 
 
231 aa  251  9.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.9 
 
 
231 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 
239 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.44 
 
 
232 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.67 
 
 
226 aa  246  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.8 
 
 
239 aa  245  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.14 
 
 
232 aa  244  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.96 
 
 
231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  60.34 
 
 
229 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.34 
 
 
229 aa  242  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.56 
 
 
235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.36 
 
 
236 aa  240  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.26 
 
 
234 aa  239  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.07 
 
 
231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.25 
 
 
231 aa  237  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.39 
 
 
225 aa  236  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.07 
 
 
239 aa  236  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.89 
 
 
231 aa  231  8.000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.38 
 
 
237 aa  228  8e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.67 
 
 
240 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.78 
 
 
238 aa  225  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.13 
 
 
236 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
245 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.66 
 
 
238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.12 
 
 
230 aa  217  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.54 
 
 
240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.44 
 
 
239 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 
240 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  50.42 
 
 
244 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.57 
 
 
236 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.14 
 
 
243 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  50.43 
 
 
244 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  48.28 
 
 
242 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  45.92 
 
 
242 aa  206  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 
234 aa  205  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 
234 aa  205  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.93 
 
 
238 aa  205  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  48.55 
 
 
244 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  48.55 
 
 
244 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.12 
 
 
236 aa  204  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.84 
 
 
237 aa  204  7e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.84 
 
 
237 aa  204  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  49.58 
 
 
244 aa  204  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.75 
 
 
236 aa  202  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  48.51 
 
 
249 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  48.51 
 
 
231 aa  202  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  48.73 
 
 
241 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.24 
 
 
228 aa  201  6e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
240 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.03 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
240 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  46.67 
 
 
241 aa  200  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  48.9 
 
 
238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  47.88 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  47.41 
 
 
244 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.83 
 
 
236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 
244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.96 
 
 
238 aa  198  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.34 
 
 
235 aa  198  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.15 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  47.46 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  51.61 
 
 
236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.49 
 
 
233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.68 
 
 
237 aa  196  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.09 
 
 
231 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.64 
 
 
237 aa  195  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.92 
 
 
243 aa  195  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  195  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  43.95 
 
 
233 aa  194  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 
246 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.53 
 
 
239 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  43.5 
 
 
233 aa  193  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.88 
 
 
238 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.89 
 
 
231 aa  192  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  46.38 
 
 
240 aa  191  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 
246 aa  190  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  52.91 
 
 
242 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.8 
 
 
246 aa  189  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  47.64 
 
 
244 aa  190  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.02 
 
 
234 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.06 
 
 
239 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 
243 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 
243 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 
243 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 
243 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>