More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3559 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 485 aa  979    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.16 
 
 		 479 aa  330  3e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.52 
 
 		 695 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  61.5 
 
 		 695 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.06 
 
 		 695 aa  297  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.58 
 
 		 659 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.97 
 
 		 769 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.23 
 
 		 731 aa  206  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  46.3 
 
 		 707 aa  202  8e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 		 719 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.86 
 
 		 722 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  47.69 
 
 		 729 aa  196  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.38 
 
 		 706 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.17 
 
 		 721 aa  192  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  46.54 
 
 		 714 aa  183  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  43.33 
 
 		 719 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.59 
 
 		 729 aa  169  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  43.94 
 
 		 616 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  39.56 
 
 		 1442 aa  126  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  38.71 
 
 		 1407 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.23 
 
 		 180 aa  121  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.58 
 
 		 498 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 		 1433 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.59 
 
 		 1397 aa  120  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.67 
 
 		 186 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.67 
 
 		 186 aa  115  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 		 1465 aa  114  5e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  37.7 
 
 		 1440 aa  114  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  36.26 
 
 		 1402 aa  114  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.14 
 
 		 463 aa  113  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  34.8 
 
 		 1390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.6 
 
 		 482 aa  106  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  34.04 
 
 		 233 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  31.41 
 
 		 1435 aa  106  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.85 
 
 		 1527 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  34.68 
 
 		 239 aa  105  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.71 
 
 		 1365 aa  105  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  41.03 
 
 		 584 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  32.97 
 
 		 1447 aa  105  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  35.32 
 
 		 1426 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  39.11 
 
 		 566 aa  104  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 		 201 aa  103  8e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  32.47 
 
 		 1444 aa  103  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.57 
 
 		 944 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  39.49 
 
 		 574 aa  102  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.82 
 
 		 590 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  33.7 
 
 		 1421 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.42 
 
 		 595 aa  101  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.02 
 
 		 921 aa  101  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 		 247 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.52 
 
 		 476 aa  100  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.19 
 
 		 595 aa  99.4  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.6 
 
 		 282 aa  99.8  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  38 
 
 		 630 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  30.96 
 
 		 1433 aa  98.6  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  30.96 
 
 		 1433 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  30.96 
 
 		 1433 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 		 184 aa  98.6  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  34.58 
 
 		 578 aa  99  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  30.96 
 
 		 1433 aa  98.6  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  37.11 
 
 		 574 aa  98.6  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  36.41 
 
 		 551 aa  99  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 		 378 aa  98.2  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30.46 
 
 		 1433 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  36.23 
 
 		 236 aa  98.2  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.89 
 
 		 1449 aa  98.2  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.92 
 
 		 921 aa  97.8  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.35 
 
 		 970 aa  97.8  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  34.97 
 
 		 1468 aa  97.4  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30.46 
 
 		 1433 aa  97.8  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  31.47 
 
 		 1433 aa  97.8  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.89 
 
 		 1449 aa  97.8  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  32.42 
 
 		 1436 aa  97.1  6e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  35.05 
 
 		 1432 aa  97.4  6e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  30.46 
 
 		 1433 aa  97.1  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  34.43 
 
 		 613 aa  97.1  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  32.63 
 
 		 1438 aa  97.1  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  30.46 
 
 		 1433 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  32.63 
 
 		 1438 aa  97.1  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  30.46 
 
 		 1433 aa  97.1  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.1 
 
 		 610 aa  96.7  8e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.5 
 
 		 239 aa  96.7  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  35.57 
 
 		 570 aa  96.7  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.32 
 
 		 560 aa  96.7  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.63 
 
 		 236 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 		 527 aa  96.3  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 205 aa  96.3  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  35.88 
 
 		 236 aa  96.3  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.53 
 
 		 584 aa  96.3  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 		 232 aa  95.9  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.12 
 
 		 230 aa  95.9  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.57 
 
 		 241 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 		 228 aa  95.5  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  37.5 
 
 		 630 aa  95.9  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  37.5 
 
 		 630 aa  95.9  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.06 
 
 		 237 aa  94.7  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  34.67 
 
 		 578 aa  95.1  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  36.36 
 
 		 601 aa  94.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  35.39 
 
 		 1464 aa  94.4  4e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>