More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0439 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
186 aa  383  1e-106  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  99.46 
 
 
186 aa  383  1e-105  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 
184 aa  186  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0832  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.65 
 
 
188 aa  181  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0668234  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.02 
 
 
187 aa  157  9e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.95 
 
 
769 aa  124  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.6 
 
 
721 aa  120  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  41.04 
 
 
1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
731 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  41.01 
 
 
719 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.37 
 
 
659 aa  117  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.24 
 
 
706 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  38.71 
 
 
714 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 
695 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.6 
 
 
722 aa  114  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  38.67 
 
 
485 aa  114  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.98 
 
 
479 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  39.31 
 
 
729 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  37.79 
 
 
707 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  40.46 
 
 
601 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  41.28 
 
 
695 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.87 
 
 
1407 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.7 
 
 
695 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.06 
 
 
719 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.84 
 
 
729 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  37.79 
 
 
242 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  38.86 
 
 
1442 aa  105  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.35 
 
 
1397 aa  105  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.33 
 
 
231 aa  105  5e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 
1367 aa  104  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  36.26 
 
 
1367 aa  104  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  35.36 
 
 
1436 aa  104  9e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  37.5 
 
 
1447 aa  103  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  35.03 
 
 
1438 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  37.2 
 
 
239 aa  103  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  36.99 
 
 
242 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  35.03 
 
 
1438 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  39.41 
 
 
1402 aa  102  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  38.37 
 
 
242 aa  101  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.22 
 
 
205 aa  102  5e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.88 
 
 
921 aa  101  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  38.76 
 
 
551 aa  100  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1030  Rad3-related DNA helicase  38.27 
 
 
937 aa  100  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0174435  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 
225 aa  99.4  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.57 
 
 
584 aa  99.4  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.56 
 
 
1390 aa  98.6  5e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  35.12 
 
 
1433 aa  98.6  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  35.12 
 
 
1433 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  35.12 
 
 
1433 aa  98.6  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  35.12 
 
 
1433 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  34.91 
 
 
1440 aa  97.8  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
237 aa  97.4  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  34.52 
 
 
970 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
229 aa  97.1  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 
1433 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
237 aa  97.4  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.91 
 
 
595 aa  97.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 
1433 aa  97.1  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.99 
 
 
180 aa  97.4  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 
1433 aa  97.1  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 
1433 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 
1433 aa  96.7  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  34.09 
 
 
1426 aa  96.3  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  36.97 
 
 
229 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 
247 aa  96.7  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  35.76 
 
 
230 aa  96.3  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.37 
 
 
226 aa  95.9  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.75 
 
 
260 aa  95.5  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  38.61 
 
 
616 aa  95.5  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.21 
 
 
240 aa  95.5  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  37.93 
 
 
570 aa  95.5  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  37.14 
 
 
1465 aa  95.1  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.06 
 
 
238 aa  95.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.69 
 
 
239 aa  95.1  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  36.78 
 
 
574 aa  94.7  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 
235 aa  94.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  34.5 
 
 
1433 aa  94.7  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  34.94 
 
 
239 aa  94.4  9e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
243 aa  94  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  36.78 
 
 
240 aa  94  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  34.94 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.12 
 
 
243 aa  94  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
237 aa  94  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 
231 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.67 
 
 
605 aa  93.6  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1435 aa  93.2  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  37.13 
 
 
244 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  35.43 
 
 
1388 aa  92.4  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  38.51 
 
 
584 aa  92.4  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.21 
 
 
234 aa  92.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
244 aa  92.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  34.04 
 
 
489 aa  92.8  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.73 
 
 
267 aa  92  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 
237 aa  92  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 
921 aa  92.4  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
228 aa  92  5e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 
233 aa  91.7  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
235 aa  91.7  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  37.93 
 
 
603 aa  91.3  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>