More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4556 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 659 aa  1264    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.23 
 
 		 695 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  42.37 
 
 		 695 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.94 
 
 		 695 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  50.58 
 
 		 485 aa  238  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.57 
 
 		 479 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 		 714 aa  209  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  38.3 
 
 		 707 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  40.48 
 
 		 729 aa  192  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 		 722 aa  189  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.5 
 
 		 719 aa  189  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.68 
 
 		 769 aa  189  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.09 
 
 		 729 aa  189  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.92 
 
 		 731 aa  187  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.42 
 
 		 721 aa  187  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.77 
 
 		 706 aa  177  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  40.4 
 
 		 719 aa  176  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  31.6 
 
 		 616 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  42.2 
 
 		 1402 aa  131  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.37 
 
 		 1407 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  33.51 
 
 		 1465 aa  124  5e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.93 
 
 		 1442 aa  123  9e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.8 
 
 		 1433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.36 
 
 		 1397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  41.87 
 
 		 574 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.11 
 
 		 180 aa  120  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  42.23 
 
 		 578 aa  120  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.37 
 
 		 186 aa  118  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.37 
 
 		 186 aa  118  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.7 
 
 		 595 aa  119  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.57 
 
 		 482 aa  118  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  41.98 
 
 		 590 aa  117  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  42.16 
 
 		 584 aa  117  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.03 
 
 		 1367 aa  117  7.999999999999999e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.03 
 
 		 1367 aa  117  8.999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.2 
 
 		 1390 aa  117  8.999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  35.57 
 
 		 1527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.87 
 
 		 605 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  35.59 
 
 		 1440 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.2 
 
 		 631 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.24 
 
 		 463 aa  115  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  39.74 
 
 		 1449 aa  115  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  39.32 
 
 		 574 aa  115  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  39.1 
 
 		 1449 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  40.84 
 
 		 551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  35.94 
 
 		 1464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  33.87 
 
 		 1365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  36.22 
 
 		 1444 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  33.86 
 
 		 1435 aa  112  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.04 
 
 		 921 aa  112  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  42.39 
 
 		 566 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.81 
 
 		 378 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.79 
 
 		 1433 aa  111  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.79 
 
 		 1433 aa  111  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.79 
 
 		 1433 aa  111  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.79 
 
 		 1433 aa  111  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  40.5 
 
 		 584 aa  111  5e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  31.28 
 
 		 1433 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.37 
 
 		 225 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  33.89 
 
 		 1447 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  31.28 
 
 		 1433 aa  110  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.41 
 
 		 595 aa  110  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.28 
 
 		 970 aa  109  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  38.61 
 
 		 613 aa  110  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.28 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  31.28 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  37.57 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.28 
 
 		 1433 aa  109  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  36.99 
 
 		 315 aa  108  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  39.02 
 
 		 242 aa  108  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  32.31 
 
 		 1433 aa  108  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 		 315 aa  107  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.31 
 
 		 565 aa  107  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  40.58 
 
 		 630 aa  107  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  33.68 
 
 		 1432 aa  107  6e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  34.12 
 
 		 1421 aa  107  8e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  39 
 
 		 375 aa  107  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.35 
 
 		 398 aa  107  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.88 
 
 		 239 aa  107  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  38.24 
 
 		 616 aa  106  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  38.82 
 
 		 1426 aa  106  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1468 aa  106  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 		 315 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 		 609 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  43.75 
 
 		 560 aa  106  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  37.2 
 
 		 315 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.43 
 
 		 240 aa  105  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  38.83 
 
 		 379 aa  105  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 		 239 aa  105  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  40.62 
 
 		 601 aa  105  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  40.1 
 
 		 630 aa  105  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  40.1 
 
 		 630 aa  105  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.78 
 
 		 375 aa  105  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  31.35 
 
 		 1436 aa  105  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  38.54 
 
 		 578 aa  104  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  36.99 
 
 		 315 aa  104  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  36.59 
 
 		 315 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  36.59 
 
 		 315 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  36.59 
 
 		 315 aa  104  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  37.57 
 
 		 242 aa  103  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>