More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2225 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  93.09 
 
 		 695 aa  1229    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  99.86 
 
 		 695 aa  1371    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 695 aa  1372    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.49 
 
 		 659 aa  363  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  34.17 
 
 		 707 aa  308  2.0000000000000002e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  61.06 
 
 		 485 aa  297  5e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  34.28 
 
 		 714 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  33.97 
 
 		 729 aa  278  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.99 
 
 		 721 aa  262  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.18 
 
 		 719 aa  260  7e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 		 706 aa  245  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 		 719 aa  244  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.89 
 
 		 479 aa  241  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 		 769 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.38 
 
 		 722 aa  241  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.01 
 
 		 729 aa  240  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.73 
 
 		 731 aa  234  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  43.48 
 
 		 616 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  39.78 
 
 		 1442 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  39.23 
 
 		 1433 aa  127  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  38.34 
 
 		 1407 aa  125  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.48 
 
 		 180 aa  125  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  120  6e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  120  9e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  120  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  120  9e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  120  9e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  35.64 
 
 		 1465 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  34.8 
 
 		 1433 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.01 
 
 		 1440 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  38.42 
 
 		 1447 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  34.31 
 
 		 1433 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  36.87 
 
 		 1433 aa  118  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  36.87 
 
 		 970 aa  119  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  34.8 
 
 		 1433 aa  118  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.7 
 
 		 1397 aa  118  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  36.31 
 
 		 1433 aa  118  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  40.98 
 
 		 584 aa  117  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  37.29 
 
 		 1435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  34.65 
 
 		 1390 aa  114  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.49 
 
 		 463 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  38.64 
 
 		 1402 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  37.7 
 
 		 1527 aa  112  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.41 
 
 		 921 aa  111  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.67 
 
 		 482 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  41.46 
 
 		 566 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  38.67 
 
 		 1444 aa  110  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  39.18 
 
 		 574 aa  109  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  35.64 
 
 		 1449 aa  110  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.7 
 
 		 186 aa  110  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 		 315 aa  110  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.7 
 
 		 186 aa  109  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  35.52 
 
 		 1436 aa  109  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 		 315 aa  109  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  45.83 
 
 		 560 aa  109  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  35.64 
 
 		 1449 aa  109  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  36.96 
 
 		 315 aa  109  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 		 315 aa  108  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 		 315 aa  108  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  36.16 
 
 		 1438 aa  108  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  36.16 
 
 		 1438 aa  108  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  39.47 
 
 		 1362 aa  108  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  40.49 
 
 		 1426 aa  108  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1367 aa  107  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1367 aa  107  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 315 aa  106  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 315 aa  106  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 315 aa  106  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  40.1 
 
 		 603 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  36.55 
 
 		 1365 aa  105  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  44.19 
 
 		 590 aa  106  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 315 aa  105  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  31.4 
 
 		 1432 aa  105  3e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  38.79 
 
 		 315 aa  104  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  34.97 
 
 		 1421 aa  104  5e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  36.9 
 
 		 1464 aa  104  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.97 
 
 		 247 aa  104  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.76 
 
 		 498 aa  103  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 		 205 aa  103  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  36.57 
 
 		 1468 aa  102  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  38.71 
 
 		 585 aa  102  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.23 
 
 		 578 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.09 
 
 		 239 aa  100  6e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  39.52 
 
 		 584 aa  100  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.68 
 
 		 184 aa  100  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  38.54 
 
 		 574 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  34.34 
 
 		 299 aa  100  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.43 
 
 		 565 aa  99.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.07 
 
 		 476 aa  100  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.52 
 
 		 944 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.36 
 
 		 595 aa  99.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.48 
 
 		 244 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.26 
 
 		 462 aa  99  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.65 
 
 		 570 aa  99  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  35.59 
 
 		 1635 aa  99  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  39.57 
 
 		 601 aa  98.2  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  41.01 
 
 		 578 aa  97.4  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.02 
 
 		 605 aa  97.4  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.98 
 
 		 239 aa  97.4  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  33.67 
 
 		 1388 aa  97.1  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>