More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_2003 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 247 aa  493  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.79 
 
 		 719 aa  137  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  40.44 
 
 		 707 aa  135  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  42.69 
 
 		 616 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  41.14 
 
 		 729 aa  128  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  40.21 
 
 		 714 aa  125  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.51 
 
 		 565 aa  123  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.63 
 
 		 706 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  40.43 
 
 		 1426 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.85 
 
 		 731 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 		 721 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  39.38 
 
 		 233 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.3 
 
 		 722 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.3 
 
 		 729 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.9 
 
 		 769 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  40.46 
 
 		 719 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.17 
 
 		 1367 aa  111  9e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  39.52 
 
 		 236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.17 
 
 		 1367 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  37.43 
 
 		 1449 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.32 
 
 		 1397 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  36.87 
 
 		 1449 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.87 
 
 		 205 aa  106  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.12 
 
 		 921 aa  106  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.28 
 
 		 695 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  38.28 
 
 		 695 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 		 485 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.85 
 
 		 659 aa  102  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.82 
 
 		 695 aa  101  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 		 186 aa  101  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  32.26 
 
 		 1407 aa  98.6  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.88 
 
 		 1442 aa  98.2  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.26 
 
 		 921 aa  97.4  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.88 
 
 		 934 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  39.47 
 
 		 574 aa  97.4  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 574 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  36.31 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.88 
 
 		 934 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35 
 
 		 1433 aa  96.7  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  37.13 
 
 		 235 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.83 
 
 		 479 aa  96.3  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 		 231 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.02 
 
 		 231 aa  95.1  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 		 1440 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.61 
 
 		 921 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  94  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  93.6  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  94  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  94  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  93.6  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.2 
 
 		 463 aa  94  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 929 aa  93.6  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.79 
 
 		 934 aa  94  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  32.47 
 
 		 1421 aa  94.4  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 196 aa  93.6  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  32.64 
 
 		 1465 aa  93.2  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 		 205 aa  93.6  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  34.34 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.59 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.12 
 
 		 215 aa  92.8  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  34.24 
 
 		 1390 aa  92.8  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  40.61 
 
 		 560 aa  92.4  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  36.05 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.81 
 
 		 378 aa  92  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.24 
 
 		 934 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  33.16 
 
 		 720 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.21 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  33.68 
 
 		 1635 aa  91.3  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.46 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.72 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  37.58 
 
 		 1444 aa  90.5  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.79 
 
 		 578 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.47 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.23 
 
 		 236 aa  89.7  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.02 
 
 		 203 aa  89.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.56 
 
 		 242 aa  89.7  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 		 208 aa  89.7  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  35.15 
 
 		 1435 aa  89.4  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  33.88 
 
 		 203 aa  89.4  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  36.63 
 
 		 584 aa  89.4  5e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  33.77 
 
 		 237 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.98 
 
 		 232 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  40.62 
 
 		 584 aa  88.6  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 		 180 aa  88.6  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.04 
 
 		 239 aa  88.6  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  33.77 
 
 		 237 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 267 aa  88.2  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.12 
 
 		 476 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.98 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.13 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.2 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.09 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  32.28 
 
 		 1388 aa  87.4  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>