More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0158 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  83.62 
 
 		 231 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.68 
 
 		 231 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.97 
 
 		 239 aa  384  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.17 
 
 		 231 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.35 
 
 		 232 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.47 
 
 		 239 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.52 
 
 		 240 aa  288  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.39 
 
 		 236 aa  282  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.85 
 
 		 228 aa  267  8.999999999999999e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.72 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  55.02 
 
 		 230 aa  258  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.32 
 
 		 241 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.89 
 
 		 236 aa  258  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.56 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.65 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.89 
 
 		 236 aa  255  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.23 
 
 		 239 aa  254  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  55 
 
 		 234 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  55 
 
 		 234 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  55.36 
 
 		 231 aa  249  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.95 
 
 		 237 aa  248  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.44 
 
 		 230 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.38 
 
 		 238 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.09 
 
 		 230 aa  245  4.9999999999999997e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.27 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.87 
 
 		 231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.04 
 
 		 231 aa  241  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.32 
 
 		 243 aa  237  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 		 245 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  52.81 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  50.85 
 
 		 236 aa  232  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  52.42 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.42 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  53.02 
 
 		 242 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.59 
 
 		 234 aa  224  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.77 
 
 		 243 aa  224  9e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.22 
 
 		 230 aa  222  4e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.45 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  47.56 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.26 
 
 		 236 aa  211  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.29 
 
 		 231 aa  211  9e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  48.5 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  44.2 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  44.2 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.01 
 
 		 236 aa  205  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.89 
 
 		 237 aa  205  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.22 
 
 		 237 aa  203  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.78 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.03 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.63 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.25 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.31 
 
 		 238 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.67 
 
 		 236 aa  200  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.02 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.4 
 
 		 234 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  46.61 
 
 		 240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.54 
 
 		 238 aa  198  6e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.39 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.48 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.92 
 
 		 237 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  45.11 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.04 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  48.61 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  48.61 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  48.61 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  48.61 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 		 243 aa  196  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  48.61 
 
 		 246 aa  195  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  46.86 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  45.61 
 
 		 244 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  46.86 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  46.86 
 
 		 254 aa  195  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  47.51 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  46.64 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.91 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.87 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  53.11 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 246 aa  193  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.96 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  53.11 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  53.11 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  48.46 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.49 
 
 		 246 aa  192  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 246 aa  192  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.41 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  46.41 
 
 		 245 aa  192  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  44.49 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 243 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>