More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0628 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 239 aa  488  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.1 
 
 		 244 aa  230  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.25 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.76 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.01 
 
 		 1367 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.01 
 
 		 1367 aa  113  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.7 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.99 
 
 		 1390 aa  101  8e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  35.56 
 
 		 616 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  34.07 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  30.54 
 
 		 251 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.57 
 
 		 706 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.71 
 
 		 578 aa  99.4  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 		 238 aa  98.6  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.37 
 
 		 233 aa  98.6  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.48 
 
 		 719 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 		 206 aa  96.3  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.67 
 
 		 595 aa  96.3  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.64 
 
 		 207 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 		 238 aa  95.5  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  31.98 
 
 		 223 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.69 
 
 		 230 aa  95.1  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.71 
 
 		 721 aa  95.1  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  32.62 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  35.64 
 
 		 207 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 		 232 aa  94  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.77 
 
 		 584 aa  94.4  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  26.94 
 
 		 228 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  35.16 
 
 		 200 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 		 223 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.47 
 
 		 205 aa  92.4  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.14 
 
 		 200 aa  92.4  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1438 aa  92  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1438 aa  92  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  27.67 
 
 		 1397 aa  91.7  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.33 
 
 		 200 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  32.84 
 
 		 729 aa  90.9  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  29.1 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  33.01 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  29.67 
 
 		 248 aa  89.4  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.15 
 
 		 209 aa  89.7  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  30.6 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 		 714 aa  89  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.52 
 
 		 203 aa  89  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.83 
 
 		 213 aa  88.6  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  28.8 
 
 		 1436 aa  88.2  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  33.51 
 
 		 212 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  31.07 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.53 
 
 		 769 aa  87.8  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 205 aa  87  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 228 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.47 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  30.77 
 
 		 707 aa  86.3  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.5 
 
 		 722 aa  86.3  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.41 
 
 		 570 aa  86.3  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  28.64 
 
 		 1440 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.04 
 
 		 180 aa  85.9  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.17 
 
 		 200 aa  85.5  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 200 aa  85.5  7e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  29.67 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  30.95 
 
 		 617 aa  85.1  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.73 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.86 
 
 		 595 aa  85.1  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  30.22 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.19 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 		 210 aa  84.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31.79 
 
 		 603 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  32.27 
 
 		 613 aa  84  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  27.87 
 
 		 1365 aa  83.6  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.47 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  32.31 
 
 		 584 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  32.31 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 		 695 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  29.72 
 
 		 551 aa  82.8  0.000000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.77 
 
 		 719 aa  82.8  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.63 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.92 
 
 		 921 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  35.71 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.69 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  29.09 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  28.14 
 
 		 1388 aa  81.6  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.29 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.29 
 
 		 695 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.45 
 
 		 605 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  32.29 
 
 		 695 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 		 485 aa  80.9  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  27.6 
 
 		 1421 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.06 
 
 		 1407 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.11 
 
 		 1426 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>