More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2368 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 226 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64 
 
 		 226 aa  292  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.38 
 
 		 228 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.82 
 
 		 228 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 228 aa  254  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  60.73 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.46 
 
 		 228 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  56.65 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  62.78 
 
 		 181 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  52 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.92 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.21 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.56 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  38.36 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  39.71 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  37.25 
 
 		 249 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  37.25 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  40.58 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  35.47 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  33.18 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  37.36 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  33.82 
 
 		 248 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  35.65 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  34.85 
 
 		 241 aa  105  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.59 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.07 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  32.42 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.32 
 
 		 220 aa  101  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  30.09 
 
 		 238 aa  95.9  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.49 
 
 		 232 aa  95.1  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  30.37 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 		 236 aa  89.4  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.57 
 
 		 200 aa  88.6  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 200 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.47 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.43 
 
 		 200 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.04 
 
 		 200 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  34.29 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 		 224 aa  85.5  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.58 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  34.81 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.81 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.3 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.49 
 
 		 1367 aa  78.6  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.49 
 
 		 1367 aa  78.6  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.69 
 
 		 584 aa  78.2  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.76 
 
 		 203 aa  77.8  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.05 
 
 		 578 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 		 769 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.42 
 
 		 631 aa  71.2  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  31.09 
 
 		 551 aa  70.9  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  30.43 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.31 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 		 595 aa  70.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.22 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.71 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  30.39 
 
 		 603 aa  68.9  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 		 595 aa  68.6  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  27.61 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  32.82 
 
 		 1388 aa  68.2  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  27.61 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.95 
 
 		 315 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  27.61 
 
 		 315 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  27.61 
 
 		 315 aa  67  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  27.61 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.27 
 
 		 578 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.64 
 
 		 609 aa  66.2  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  31.98 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  32.54 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  32.63 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 		 719 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  29.95 
 
 		 601 aa  65.5  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.86 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.77 
 
 		 590 aa  65.1  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.38 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.38 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  24.74 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.71 
 
 		 729 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  29.31 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.62 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  26.38 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  30.29 
 
 		 1362 aa  64.3  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.93 
 
 		 1390 aa  62.8  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.13 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.33 
 
 		 695 aa  62.4  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.77 
 
 		 570 aa  62  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>