More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2855 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2855  exonuclease  100 
 
 		 181 aa  364  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  85.56 
 
 		 228 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  85.56 
 
 		 228 aa  317  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  86.11 
 
 		 228 aa  317  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.11 
 
 		 228 aa  303  9.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.11 
 
 		 228 aa  302  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.11 
 
 		 228 aa  302  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.11 
 
 		 228 aa  302  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  81.67 
 
 		 223 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.44 
 
 		 226 aa  235  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  64.25 
 
 		 228 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.88 
 
 		 228 aa  226  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 		 229 aa  224  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  62.78 
 
 		 226 aa  218  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.12 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  58.56 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.44 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  41.38 
 
 		 239 aa  120  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  39.43 
 
 		 251 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.88 
 
 		 246 aa  118  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  38.73 
 
 		 236 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.35 
 
 		 220 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  37.43 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  36.99 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  38.51 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  34.44 
 
 		 226 aa  101  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  37.93 
 
 		 235 aa  101  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  35.84 
 
 		 248 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.7 
 
 		 233 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  29.28 
 
 		 228 aa  98.6  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  35.63 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 		 238 aa  97.1  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 		 232 aa  96.3  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  34.68 
 
 		 238 aa  95.1  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 		 236 aa  94.4  8e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 		 240 aa  94.4  9e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 		 238 aa  93.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  36.21 
 
 		 241 aa  92.8  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  33.16 
 
 		 240 aa  92  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 		 238 aa  91.3  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.96 
 
 		 207 aa  89  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  32.76 
 
 		 240 aa  88.2  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  34.81 
 
 		 207 aa  87.8  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  33.71 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.94 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 		 200 aa  85.9  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 200 aa  84.7  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.67 
 
 		 213 aa  80.9  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  32.61 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.18 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.18 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 		 1367 aa  75.5  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.52 
 
 		 1367 aa  75.5  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 		 769 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.39 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.74 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.02 
 
 		 584 aa  68.2  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.48 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 		 722 aa  66.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 		 731 aa  66.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.76 
 
 		 729 aa  65.1  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 		 595 aa  64.7  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 		 236 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.66 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  31.48 
 
 		 1388 aa  63.5  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.53 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.88 
 
 		 1442 aa  62.4  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.01 
 
 		 240 aa  62  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.72 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.94 
 
 		 719 aa  61.6  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.42 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.44 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.72 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.68 
 
 		 1362 aa  60.8  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  32.04 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  33.12 
 
 		 1390 aa  60.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  27.88 
 
 		 1397 aa  59.7  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.83 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  26.35 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 		 695 aa  59.7  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.79 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 		 721 aa  58.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.23 
 
 		 578 aa  59.3  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.89 
 
 		 1465 aa  58.9  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 		 631 aa  58.9  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.94 
 
 		 714 aa  58.2  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  33.54 
 
 		 616 aa  58.2  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.74 
 
 		 405 aa  57.8  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>