288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2834 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 226 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  64 
 
 		 226 aa  292  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.48 
 
 		 228 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.67 
 
 		 228 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.67 
 
 		 228 aa  271  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.22 
 
 		 228 aa  266  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.59 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.59 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.59 
 
 		 228 aa  261  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.14 
 
 		 228 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.02 
 
 		 228 aa  248  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  57.99 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.11 
 
 		 229 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  52.44 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  64.09 
 
 		 181 aa  215  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  49.12 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  43.17 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.22 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  36.44 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  36.06 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 		 240 aa  116  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  33.82 
 
 		 249 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  33.78 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  33.82 
 
 		 248 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  35.15 
 
 		 236 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  33.18 
 
 		 238 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.79 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.32 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  32.86 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  31.31 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  31.56 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  32.88 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.92 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  32.66 
 
 		 241 aa  101  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  30.94 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  33.33 
 
 		 226 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  29.05 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  33 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.92 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  32.45 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.45 
 
 		 200 aa  89.4  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 213 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.22 
 
 		 200 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.19 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  32.43 
 
 		 236 aa  85.5  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.16 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.81 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.29 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.75 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.29 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 		 1367 aa  70.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 		 1367 aa  70.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.14 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.39 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 		 729 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.82 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.73 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.74 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.49 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.81 
 
 		 578 aa  65.1  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.66 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.34 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.96 
 
 		 584 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.04 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  29.27 
 
 		 1362 aa  62.4  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.77 
 
 		 595 aa  62  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  28.99 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  28.18 
 
 		 1464 aa  60.8  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  29.09 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  30.3 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 578 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  26.9 
 
 		 1444 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  35 
 
 		 1426 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.43 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 		 721 aa  58.9  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.78 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  32.35 
 
 		 1388 aa  58.2  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 695 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  29.88 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 		 769 aa  57.8  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.45 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  26.82 
 
 		 1468 aa  57.4  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 		 184 aa  57  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.99 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>