More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0353 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
236 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  97.46 
 
 
236 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  94.07 
 
 
236 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  89.83 
 
 
236 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  67.23 
 
 
237 aa  304  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  64.41 
 
 
235 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  65.97 
 
 
237 aa  294  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.83 
 
 
233 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.75 
 
 
240 aa  211  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 
235 aa  194  7e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  40.96 
 
 
233 aa  138  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  40.65 
 
 
236 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  38.97 
 
 
233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
205 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
232 aa  107  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.56 
 
 
236 aa  107  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  31.58 
 
 
209 aa  96.3  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.68 
 
 
209 aa  95.5  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.29 
 
 
213 aa  95.1  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  32.22 
 
 
205 aa  94.7  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 
232 aa  94.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
210 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  33.71 
 
 
1390 aa  88.6  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 
238 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.95 
 
 
1367 aa  83.6  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.95 
 
 
1367 aa  83.6  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  35.54 
 
 
201 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  29.03 
 
 
209 aa  82  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.54 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  31.64 
 
 
218 aa  79  0.00000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.76 
 
 
616 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.09 
 
 
1449 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
220 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 
247 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.96 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.53 
 
 
1449 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
218 aa  75.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
205 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  32.3 
 
 
208 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  29.91 
 
 
210 aa  73.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.67 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 
769 aa  73.2  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  37.14 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  32.3 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  28.81 
 
 
1444 aa  72.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  29.76 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  27.69 
 
 
1426 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
205 aa  72  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
729 aa  72  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.27 
 
 
1432 aa  71.6  0.000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1435 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 
228 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  31.35 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 
719 aa  71.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.74 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
695 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  29.19 
 
 
695 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.29 
 
 
707 aa  70.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.43 
 
 
244 aa  70.5  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  33.05 
 
 
222 aa  70.5  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  26.52 
 
 
1397 aa  70.1  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.99 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
934 aa  69.7  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 
706 aa  69.7  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.96 
 
 
1388 aa  68.9  0.00000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  33.9 
 
 
216 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  30.83 
 
 
203 aa  68.6  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.93 
 
 
719 aa  68.6  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.85 
 
 
233 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.58 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.58 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  24.62 
 
 
1442 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
731 aa  67.4  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
722 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 
565 aa  66.6  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  27.38 
 
 
203 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.02 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.02 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
659 aa  66.2  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
695 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
485 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.83 
 
 
200 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  31.07 
 
 
251 aa  63.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  25.73 
 
 
1465 aa  63.5  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.24 
 
 
721 aa  63.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.95 
 
 
1433 aa  63.2  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  30.16 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.83 
 
 
1407 aa  63.5  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.51 
 
 
246 aa  63.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  32.7 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.74 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.1 
 
 
714 aa  62.8  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.34 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  23.16 
 
 
1436 aa  62.4  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1636  hypothetical protein  28.35 
 
 
221 aa  62  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696644  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
231 aa  61.6  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>