More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1295 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
200 aa  401  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.57 
 
 
203 aa  217  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.51 
 
 
200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.06 
 
 
206 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  43.35 
 
 
207 aa  165  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.35 
 
 
207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.59 
 
 
200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  46.67 
 
 
200 aa  161  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.43 
 
 
200 aa  160  9e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.43 
 
 
200 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.3 
 
 
213 aa  152  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.26 
 
 
233 aa  114  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.1 
 
 
233 aa  112  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.18 
 
 
232 aa  105  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  37.22 
 
 
241 aa  97.1  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  37.64 
 
 
235 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  34.92 
 
 
249 aa  92.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  36.69 
 
 
236 aa  90.9  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  37.57 
 
 
240 aa  89.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  37.72 
 
 
228 aa  89.4  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  37.37 
 
 
236 aa  87.8  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 
238 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  34.55 
 
 
601 aa  86.7  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  35.64 
 
 
240 aa  85.9  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  85.5  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.56 
 
 
230 aa  85.5  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  36.46 
 
 
616 aa  84  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  34.57 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  33.52 
 
 
239 aa  81.3  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.05 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.08 
 
 
184 aa  81.3  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  34.02 
 
 
578 aa  79.3  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  32.58 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  29.55 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  29.83 
 
 
238 aa  77.8  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.14 
 
 
570 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.75 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.75 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  33.52 
 
 
590 aa  75.9  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  29.21 
 
 
238 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.36 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.23 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.2 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 
251 aa  73.2  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.61 
 
 
229 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 
238 aa  72  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.21 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.98 
 
 
578 aa  70.1  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  30.65 
 
 
617 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.44 
 
 
719 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.9 
 
 
186 aa  70.1  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.9 
 
 
186 aa  70.5  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
769 aa  69.7  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.21 
 
 
719 aa  69.3  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.77 
 
 
584 aa  68.9  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.9 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  32.46 
 
 
585 aa  68.6  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  32.65 
 
 
601 aa  67.8  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  37.04 
 
 
181 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  27.88 
 
 
236 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
610 aa  67.4  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.95 
 
 
706 aa  67.4  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.89 
 
 
605 aa  67  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.8 
 
 
1440 aa  67  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  28.95 
 
 
729 aa  66.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 
731 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  25.54 
 
 
714 aa  66.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 
609 aa  65.9  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.89 
 
 
707 aa  65.5  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  31.82 
 
 
223 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.4 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 
595 aa  65.5  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
236 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
584 aa  64.7  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.7 
 
 
574 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.41 
 
 
273 aa  63.5  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.11 
 
 
1390 aa  63.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.75 
 
 
220 aa  63.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 
236 aa  63.5  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  30.73 
 
 
613 aa  63.2  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
223 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  32.81 
 
 
315 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.78 
 
 
228 aa  62.8  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0832  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.46 
 
 
188 aa  62.8  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0668234  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.51 
 
 
203 aa  62.4  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  32.03 
 
 
315 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  32.03 
 
 
315 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
315 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>