More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2503 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
251 aa  525  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  53.51 
 
 
235 aa  251  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 
239 aa  230  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  48.03 
 
 
238 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  47.37 
 
 
241 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  47.19 
 
 
240 aa  222  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  44.18 
 
 
248 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  46.93 
 
 
249 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 
240 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  46.03 
 
 
238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  47.16 
 
 
240 aa  211  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  45.18 
 
 
238 aa  209  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  45.22 
 
 
239 aa  208  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  43.91 
 
 
239 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  45.22 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 
236 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  45.18 
 
 
236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.07 
 
 
228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.71 
 
 
246 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.16 
 
 
228 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.68 
 
 
228 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.16 
 
 
228 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.79 
 
 
228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.15 
 
 
228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.28 
 
 
228 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.28 
 
 
228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.28 
 
 
228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.94 
 
 
229 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.81 
 
 
228 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.36 
 
 
226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  34.5 
 
 
228 aa  126  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.06 
 
 
226 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.5 
 
 
230 aa  119  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.59 
 
 
232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.18 
 
 
233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.04 
 
 
223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  35.23 
 
 
228 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  34.78 
 
 
236 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
239 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  39.43 
 
 
181 aa  99  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  33.72 
 
 
200 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.72 
 
 
200 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 
200 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 
244 aa  93.6  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 
236 aa  92.4  6e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.98 
 
 
200 aa  92.4  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.15 
 
 
1367 aa  92  8e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.15 
 
 
1367 aa  92  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
207 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.98 
 
 
206 aa  88.6  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  33.15 
 
 
207 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.95 
 
 
200 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.69 
 
 
233 aa  85.9  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
232 aa  85.9  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
205 aa  85.5  7e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 
236 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
205 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.34 
 
 
1426 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  34.15 
 
 
1390 aa  83.2  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.5 
 
 
220 aa  82  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  28.23 
 
 
203 aa  82  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.67 
 
 
584 aa  82  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.66 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.03 
 
 
213 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  30.81 
 
 
216 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.24 
 
 
203 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.07 
 
 
1433 aa  77  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 
405 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  28.8 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.59 
 
 
203 aa  76.3  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.07 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.33 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.6 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  31.44 
 
 
184 aa  75.5  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  28.81 
 
 
201 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 
205 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.89 
 
 
1397 aa  74.7  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.37 
 
 
187 aa  74.7  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.89 
 
 
578 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.83 
 
 
574 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.38 
 
 
216 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.37 
 
 
200 aa  73.2  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 
299 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.95 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
239 aa  72.4  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
722 aa  72.4  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.53 
 
 
578 aa  72  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
282 aa  72  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.04 
 
 
721 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  29.83 
 
 
226 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.43 
 
 
1440 aa  71.6  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  25.6 
 
 
222 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
223 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.4 
 
 
240 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>