More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0828 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
203 aa  413  9.999999999999999e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.16 
 
 
203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  54.73 
 
 
207 aa  229  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  55.38 
 
 
205 aa  223  1e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  50.79 
 
 
222 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  50.25 
 
 
216 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  51.31 
 
 
216 aa  203  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
218 aa  203  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  49.48 
 
 
218 aa  202  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  47.94 
 
 
220 aa  202  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  47.45 
 
 
212 aa  190  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  43.78 
 
 
209 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  42.79 
 
 
223 aa  187  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  44.81 
 
 
223 aa  177  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  44.13 
 
 
208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  43.02 
 
 
208 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  39.66 
 
 
209 aa  149  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  39.13 
 
 
209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  38.42 
 
 
205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  39.67 
 
 
210 aa  144  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  36.76 
 
 
210 aa  142  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  34.67 
 
 
201 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 
203 aa  121  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  34.08 
 
 
203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.32 
 
 
238 aa  101  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 
236 aa  95.9  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 
233 aa  95.5  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.32 
 
 
244 aa  91.3  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
233 aa  91.3  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 
232 aa  89.4  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  29.44 
 
 
233 aa  89.4  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 
205 aa  87.4  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.21 
 
 
232 aa  86.3  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.53 
 
 
1442 aa  84.7  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 
239 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.75 
 
 
719 aa  84.3  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  28.89 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  31.22 
 
 
616 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
233 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 
498 aa  81.6  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  30.64 
 
 
1432 aa  81.3  0.000000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.09 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.76 
 
 
707 aa  79.7  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  33.9 
 
 
1407 aa  79.7  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  28.23 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
722 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
769 aa  76.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
719 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
706 aa  75.5  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.75 
 
 
551 aa  75.9  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 
714 aa  75.5  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  32.35 
 
 
1449 aa  74.7  0.0000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  32.35 
 
 
1449 aa  74.7  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 
1367 aa  74.7  0.0000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.34 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  28.72 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 
729 aa  74.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  29.14 
 
 
1421 aa  73.2  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  29.12 
 
 
1527 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.4 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.42 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.87 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
721 aa  72  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.31 
 
 
731 aa  72.4  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.51 
 
 
233 aa  71.6  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.72 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  29.71 
 
 
1465 aa  71.6  0.000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.37 
 
 
1390 aa  71.6  0.000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.31 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  27 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.15 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  31.89 
 
 
1388 aa  70.1  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.57 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  33.73 
 
 
184 aa  69.7  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  32.35 
 
 
1365 aa  69.7  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.23 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  27 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.05 
 
 
952 aa  69.3  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 
1362 aa  69.3  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.64 
 
 
978 aa  69.3  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.16 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
479 aa  68.6  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
934 aa  68.6  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  29.94 
 
 
235 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.65 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.65 
 
 
228 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
695 aa  68.2  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>