219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1120 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 207 aa  428  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  52.76 
 
 		 203 aa  232  3e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.73 
 
 		 203 aa  229  2e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  53.37 
 
 		 205 aa  210  1e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  51.01 
 
 		 222 aa  207  7e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  47.52 
 
 		 216 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  45.32 
 
 		 212 aa  198  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  46.6 
 
 		 220 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  47.15 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  46.53 
 
 		 218 aa  193  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  47.64 
 
 		 216 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  46.27 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  46.31 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  49.19 
 
 		 223 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  37.82 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  38.27 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  39.58 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  36.55 
 
 		 205 aa  150  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  39.58 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  34.5 
 
 		 201 aa  140  9e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 		 203 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  32.5 
 
 		 203 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  36.69 
 
 		 208 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  36.09 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  24.16 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 236 aa  86.7  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 		 238 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.59 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.1 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.94 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.43 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  32.37 
 
 		 1365 aa  70.1  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.14 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 233 aa  68.2  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.5 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  35.58 
 
 		 1432 aa  65.1  0.0000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.56 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.03 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.75 
 
 		 320 aa  61.6  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  23.24 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.92 
 
 		 864 aa  60.8  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.96 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  26.55 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.91 
 
 		 1390 aa  60.1  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.83 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.91 
 
 		 1440 aa  59.7  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28 
 
 		 1433 aa  59.7  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.16 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.37 
 
 		 232 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.96 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.49 
 
 		 722 aa  58.9  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 		 769 aa  58.5  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  27.27 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.33 
 
 		 1442 aa  57.8  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.23 
 
 		 479 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.01 
 
 		 498 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  25.41 
 
 		 719 aa  57  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  25.27 
 
 		 714 aa  57.4  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 		 978 aa  57  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  26.18 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  20.81 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  22.6 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  27.92 
 
 		 1421 aa  56.2  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  26.7 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  27.78 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  29.07 
 
 		 277 aa  55.1  0.0000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  25.98 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.19 
 
 		 240 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.18 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  21.59 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.82 
 
 		 719 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  25.5 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  25 
 
 		 1465 aa  54.3  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.18 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.32 
 
 		 1407 aa  53.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 		 729 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.71 
 
 		 952 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  26.23 
 
 		 707 aa  53.9  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  24.73 
 
 		 616 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  26.14 
 
 		 1362 aa  53.1  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 		 180 aa  53.1  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  21.74 
 
 		 228 aa  52.8  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 		 252 aa  52.8  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  22.7 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.12 
 
 		 228 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.4 
 
 		 721 aa  52.4  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  32.59 
 
 		 1437 aa  52.4  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 		 243 aa  52  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.11 
 
 		 731 aa  52  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.78 
 
 		 659 aa  52  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.14 
 
 		 226 aa  51.6  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.76 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  29.82 
 
 		 1449 aa  50.8  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.86 
 
 		 706 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.48 
 
 		 251 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>