223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0633 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 209 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  56.65 
 
 		 212 aa  225  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  46.86 
 
 		 207 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.29 
 
 		 203 aa  205  4e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  46.8 
 
 		 216 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  47.6 
 
 		 220 aa  202  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  50.52 
 
 		 216 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  49.27 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  49.26 
 
 		 218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.78 
 
 		 203 aa  192  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  44 
 
 		 205 aa  189  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  46.56 
 
 		 218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  43.78 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  47.31 
 
 		 223 aa  168  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  41 
 
 		 205 aa  142  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  34 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  35.68 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  31.03 
 
 		 201 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  34.67 
 
 		 209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  36.17 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  33.83 
 
 		 203 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  31.5 
 
 		 203 aa  121  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  38.67 
 
 		 208 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  36.32 
 
 		 208 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.76 
 
 		 238 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.02 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.82 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.84 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.76 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.56 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.16 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.67 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.09 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 714 aa  65.9  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  25.58 
 
 		 1407 aa  64.3  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28.86 
 
 		 695 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.86 
 
 		 695 aa  63.2  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.44 
 
 		 1432 aa  62.8  0.000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.52 
 
 		 616 aa  62.8  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.04 
 
 		 952 aa  62.4  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.75 
 
 		 1388 aa  62  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  23.53 
 
 		 1367 aa  61.2  0.000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  23.53 
 
 		 1367 aa  61.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  33.93 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 		 479 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.31 
 
 		 707 aa  59.3  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  25.54 
 
 		 237 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  25.54 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 		 659 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.83 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.12 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  32.84 
 
 		 551 aa  58.5  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.5 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  25 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.19 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.29 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  26.47 
 
 		 729 aa  56.6  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  19.43 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  22.51 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  21.55 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 		 498 aa  55.5  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.27 
 
 		 978 aa  55.8  0.0000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  25.4 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.37 
 
 		 1444 aa  55.5  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 721 aa  55.1  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  26.74 
 
 		 719 aa  55.1  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  22.6 
 
 		 870 aa  54.7  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.83 
 
 		 236 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.07 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  22.95 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 		 944 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  23.6 
 
 		 1440 aa  53.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 		 719 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.12 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 		 342 aa  53.9  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 		 315 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.64 
 
 		 722 aa  53.1  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  24.86 
 
 		 248 aa  53.1  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  23.76 
 
 		 241 aa  53.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0421  helicase/exonuclease  22.6 
 
 		 870 aa  52.8  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.86 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 		 315 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 		 315 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.15 
 
 		 769 aa  52.8  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  25.99 
 
 		 249 aa  52.8  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.08 
 
 		 485 aa  52.8  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 		 315 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.86 
 
 		 267 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  23.3 
 
 		 1442 aa  52.4  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.87 
 
 		 695 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 		 315 aa  52  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  23.98 
 
 		 1421 aa  52  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 		 315 aa  52  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.91 
 
 		 251 aa  52  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 		 315 aa  51.6  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  20.57 
 
 		 251 aa  51.6  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>