More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0909 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 236 aa  479  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  50.44 
 
 		 249 aa  242  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  54.63 
 
 		 235 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  52.59 
 
 		 239 aa  235  4e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  49.12 
 
 		 248 aa  233  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  50.87 
 
 		 239 aa  231  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  48.67 
 
 		 238 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  47.48 
 
 		 238 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  48.32 
 
 		 238 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  48.25 
 
 		 241 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  45.85 
 
 		 239 aa  211  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  50.43 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 		 240 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  47.41 
 
 		 240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  44.69 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  36.99 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.75 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.73 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.04 
 
 		 228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.04 
 
 		 228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.24 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.2 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.15 
 
 		 228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.36 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.15 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.46 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.17 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.36 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.78 
 
 		 229 aa  101  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 		 233 aa  98.6  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  36.88 
 
 		 181 aa  96.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 		 233 aa  95.5  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.7 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  36.53 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.14 
 
 		 228 aa  92.4  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.25 
 
 		 200 aa  91.7  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 200 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.7 
 
 		 200 aa  88.6  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.86 
 
 		 200 aa  88.2  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.37 
 
 		 200 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.49 
 
 		 1362 aa  84.7  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  35.06 
 
 		 1367 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  35.06 
 
 		 1367 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.21 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.25 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.79 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  30.9 
 
 		 1397 aa  72  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.79 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.79 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.39 
 
 		 200 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.72 
 
 		 590 aa  71.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.27 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.82 
 
 		 1433 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  30.43 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.89 
 
 		 574 aa  69.3  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.87 
 
 		 1388 aa  68.6  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  29.07 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  27.65 
 
 		 216 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 		 187 aa  67  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  26.26 
 
 		 578 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 		 218 aa  67  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.98 
 
 		 1390 aa  67  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 		 578 aa  65.9  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 		 595 aa  66.2  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.17 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  32 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.8 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  25.15 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.24 
 
 		 1442 aa  63.5  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.22 
 
 		 584 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  27.93 
 
 		 570 aa  63.2  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  30.34 
 
 		 707 aa  62.4  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 		 595 aa  62.8  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 		 574 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  27.51 
 
 		 1407 aa  60.5  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.32 
 
 		 719 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.55 
 
 		 616 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.47 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 695 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.42 
 
 		 706 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  23.98 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.53 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  26.7 
 
 		 695 aa  59.7  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  27.84 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>