More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0301 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 236 aa  486  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  36.16 
 
 		 236 aa  153  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.22 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.48 
 
 		 228 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.79 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  32.82 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  32.31 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  31.6 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  31.84 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  32.84 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.68 
 
 		 230 aa  101  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.66 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  30.39 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  31.22 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.81 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.81 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.81 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  28.64 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.91 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.81 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.91 
 
 		 228 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  30.41 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.91 
 
 		 228 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 		 251 aa  92.4  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.65 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  24.39 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  25.94 
 
 		 241 aa  89.4  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.73 
 
 		 233 aa  88.2  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  28.21 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  34.16 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 		 233 aa  85.9  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 		 232 aa  85.5  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  29.02 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  28.5 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.81 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  26.42 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  32.04 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.45 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.21 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.56 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  25 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.25 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  24 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 		 769 aa  68.9  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1362 aa  68.6  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  26.19 
 
 		 1367 aa  68.6  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  26.19 
 
 		 1367 aa  68.6  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  26.32 
 
 		 1388 aa  68.2  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.35 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.5 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 731 aa  67.8  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.75 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  26.54 
 
 		 1447 aa  65.9  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 		 721 aa  65.9  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl288  DNA polymerase III alpha subunit  28.22 
 
 		 1493 aa  65.5  0.0000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.4 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 		 719 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.27 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.26 
 
 		 1433 aa  62.4  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  25.28 
 
 		 578 aa  62.4  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.56 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  23.27 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.56 
 
 		 1390 aa  61.6  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 706 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.16 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.91 
 
 		 729 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  23.47 
 
 		 1402 aa  60.5  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.87 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  25.3 
 
 		 1440 aa  60.1  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  27.78 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.5 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.1 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  23.26 
 
 		 1365 aa  59.7  0.00000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  24.02 
 
 		 1436 aa  59.3  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.54 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  24.26 
 
 		 1432 aa  59.3  0.00000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.93 
 
 		 1442 aa  59.3  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 		 328 aa  58.5  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  24.75 
 
 		 970 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  24.75 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.22 
 
 		 1465 aa  58.5  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.74 
 
 		 929 aa  58.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  24.75 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  24.75 
 
 		 1433 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  25.53 
 
 		 1435 aa  57.4  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  24.74 
 
 		 1433 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.06 
 
 		 590 aa  57  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  24.75 
 
 		 1433 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  24.75 
 
 		 1433 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.08 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  22.39 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.38 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  23.78 
 
 		 1527 aa  56.6  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  23.28 
 
 		 1635 aa  56.2  0.0000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>