More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1549 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 229 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  54.02 
 
 		 228 aa  252  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  53.12 
 
 		 228 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52.89 
 
 		 228 aa  248  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.58 
 
 		 228 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  55.67 
 
 		 228 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.59 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.59 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  56.65 
 
 		 226 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.85 
 
 		 228 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.11 
 
 		 228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.11 
 
 		 226 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  56.52 
 
 		 223 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  50.5 
 
 		 228 aa  209  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  58.56 
 
 		 181 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  48.44 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.82 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  35.94 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.31 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  35.32 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  36.5 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  35.41 
 
 		 239 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  31.87 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.52 
 
 		 220 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  28.92 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  33.99 
 
 		 240 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.97 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  30.95 
 
 		 238 aa  101  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  34.78 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  35.08 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  33.33 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  32.23 
 
 		 238 aa  96.3  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  34.57 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  30.96 
 
 		 240 aa  95.9  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  30.81 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.25 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  32.23 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  27.75 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.96 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  28.95 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.95 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.17 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.68 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.15 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.14 
 
 		 584 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  38.1 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.14 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.64 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.7 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.64 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.37 
 
 		 1367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.37 
 
 		 1367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.24 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.21 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.61 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  34.73 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.88 
 
 		 244 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25.13 
 
 		 1433 aa  66.2  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 		 1388 aa  65.1  0.0000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.87 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.05 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.13 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  30.27 
 
 		 1465 aa  63.5  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.84 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.25 
 
 		 209 aa  62  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.29 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.61 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  31.25 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.5 
 
 		 1407 aa  59.3  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.56 
 
 		 595 aa  59.7  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.55 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  24.26 
 
 		 603 aa  59.3  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.09 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.91 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.77 
 
 		 1402 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 		 231 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  25 
 
 		 578 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>