More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1544 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
203 aa  404  1.0000000000000001e-112  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.16 
 
 
203 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  52.76 
 
 
207 aa  232  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  59.36 
 
 
205 aa  232  3e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  49.04 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
220 aa  215  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  52.11 
 
 
216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  47.83 
 
 
212 aa  212  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  54.95 
 
 
222 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 
218 aa  200  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  48.28 
 
 
218 aa  197  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  48.15 
 
 
209 aa  195  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  41.58 
 
 
223 aa  174  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  42.93 
 
 
223 aa  170  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  40.22 
 
 
208 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  39.5 
 
 
209 aa  158  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  41.34 
 
 
208 aa  157  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  38.3 
 
 
205 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  39.2 
 
 
203 aa  152  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  37.31 
 
 
210 aa  151  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  40.31 
 
 
209 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  38.81 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  38.19 
 
 
203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  38.78 
 
 
210 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.38 
 
 
238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
232 aa  103  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 
205 aa  101  8e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.52 
 
 
236 aa  99.4  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
232 aa  96.3  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
232 aa  94.7  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.09 
 
 
233 aa  92  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.84 
 
 
244 aa  90.5  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.55 
 
 
1367 aa  90.5  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.55 
 
 
1367 aa  90.1  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
233 aa  89  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.33 
 
 
233 aa  85.9  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  33.14 
 
 
616 aa  85.5  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  33.53 
 
 
1388 aa  85.5  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.69 
 
 
209 aa  85.1  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.51 
 
 
1433 aa  81.6  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
769 aa  80.9  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
722 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.96 
 
 
706 aa  80.5  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
719 aa  79.7  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  31.55 
 
 
729 aa  80.5  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  28.24 
 
 
1440 aa  79.3  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
498 aa  78.2  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.58 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32 
 
 
1442 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.72 
 
 
213 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
729 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  31.21 
 
 
1365 aa  77  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.82 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
956 aa  75.9  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  27.33 
 
 
251 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.76 
 
 
714 aa  75.9  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  30.99 
 
 
707 aa  75.1  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1435 aa  75.1  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  30.86 
 
 
1421 aa  74.7  0.0000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
944 aa  74.7  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  28.65 
 
 
719 aa  74.7  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.67 
 
 
236 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.82 
 
 
236 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  30.86 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  29.45 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  28.82 
 
 
1433 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  28.82 
 
 
970 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  32.56 
 
 
1407 aa  73.2  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  28.82 
 
 
1433 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
934 aa  73.2  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
731 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.67 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
479 aa  73.2  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.92 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  28.74 
 
 
1433 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  28.74 
 
 
1433 aa  72  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  28.74 
 
 
1433 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  28.16 
 
 
235 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  28.74 
 
 
1433 aa  72  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
565 aa  72  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1390 aa  71.6  0.000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.71 
 
 
247 aa  71.6  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  28.9 
 
 
1432 aa  71.6  0.000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 
1444 aa  71.2  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.43 
 
 
1449 aa  71.2  0.000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  25.41 
 
 
228 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  30.23 
 
 
1465 aa  70.9  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.43 
 
 
1449 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  23.72 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  29.82 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.08 
 
 
229 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>