More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0045 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
223 aa  446  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  78.48 
 
 
223 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 
222 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  46.27 
 
 
207 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.79 
 
 
203 aa  187  9e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  47.52 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  44.85 
 
 
220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  42.78 
 
 
218 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.58 
 
 
203 aa  174  9e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  45.15 
 
 
216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  46.67 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  47.15 
 
 
216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  44.09 
 
 
209 aa  169  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  38.54 
 
 
205 aa  160  1e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  39.9 
 
 
205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  37.11 
 
 
209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  34.39 
 
 
210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  35.57 
 
 
209 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  34.2 
 
 
203 aa  126  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  35.75 
 
 
210 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  34.55 
 
 
203 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  32.49 
 
 
208 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  31.94 
 
 
201 aa  116  3e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.16 
 
 
238 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.07 
 
 
232 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
244 aa  94.4  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
239 aa  92.4  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
233 aa  89  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
233 aa  86.3  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25.4 
 
 
250 aa  79  0.00000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.41 
 
 
205 aa  79  0.00000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.47 
 
 
200 aa  78.2  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 
721 aa  77  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.75 
 
 
714 aa  77  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.14 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  30.68 
 
 
616 aa  74.3  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.47 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
769 aa  73.6  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.1 
 
 
207 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  31.47 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 
498 aa  73.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30.85 
 
 
729 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  27.59 
 
 
1421 aa  72.4  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.54 
 
 
236 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.1 
 
 
207 aa  72  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 
232 aa  71.6  0.000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.32 
 
 
213 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  27.84 
 
 
707 aa  71.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 
1442 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  25.29 
 
 
1367 aa  69.3  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  25.29 
 
 
1367 aa  69.3  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.39 
 
 
198 aa  69.3  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 
233 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.4 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.44 
 
 
267 aa  68.9  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 
233 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
706 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.44 
 
 
232 aa  67  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  25.58 
 
 
1388 aa  66.6  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25.28 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
479 aa  65.9  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 
200 aa  65.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  28.65 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.14 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  28.33 
 
 
719 aa  64.3  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  26.59 
 
 
1447 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  26.86 
 
 
1407 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
921 aa  63.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
200 aa  63.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.72 
 
 
934 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
180 aa  63.5  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
719 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.87 
 
 
184 aa  63.2  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 
1449 aa  63.2  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.87 
 
 
184 aa  63.2  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
921 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
695 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  29.34 
 
 
235 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
864 aa  62.8  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 
238 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 
1449 aa  62.8  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  30.41 
 
 
240 aa  62  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  31.37 
 
 
240 aa  62.4  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 
225 aa  62  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  29.02 
 
 
233 aa  62  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  29.52 
 
 
180 aa  61.6  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  27.32 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  29.65 
 
 
235 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
927 aa  61.6  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  25.84 
 
 
1390 aa  61.6  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.38 
 
 
200 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.6 
 
 
209 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
695 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28 
 
 
695 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>