More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2621 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
222 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 
223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  58.38 
 
 
223 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  51.47 
 
 
220 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.79 
 
 
203 aa  214  8e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  53.73 
 
 
218 aa  213  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  53.37 
 
 
216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.95 
 
 
203 aa  211  1e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  49.51 
 
 
216 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  51.01 
 
 
207 aa  207  8e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  46.7 
 
 
218 aa  205  5e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  51.03 
 
 
209 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  48.02 
 
 
212 aa  190  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  47.37 
 
 
205 aa  187  1e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  41.75 
 
 
209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  38.57 
 
 
210 aa  161  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  41.24 
 
 
210 aa  156  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  39.18 
 
 
209 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  40.56 
 
 
208 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  38.89 
 
 
208 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  36.22 
 
 
205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  33.84 
 
 
201 aa  128  6e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  34.83 
 
 
203 aa  128  8.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  33.71 
 
 
203 aa  122  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.53 
 
 
238 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.1 
 
 
239 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 
232 aa  87.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  30.41 
 
 
707 aa  87.8  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.33 
 
 
244 aa  86.7  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.79 
 
 
233 aa  85.9  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 
233 aa  85.1  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 
205 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.22 
 
 
1433 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  29.09 
 
 
729 aa  83.6  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  31.07 
 
 
1421 aa  81.6  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  30.43 
 
 
1388 aa  80.9  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.82 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  31.69 
 
 
1527 aa  79  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  25.99 
 
 
1367 aa  78.6  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  25.99 
 
 
1367 aa  78.2  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
232 aa  78.2  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.13 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
769 aa  76.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.76 
 
 
714 aa  77  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.5 
 
 
706 aa  76.6  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.34 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  26.47 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.94 
 
 
1407 aa  75.5  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 
235 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
479 aa  75.5  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 
719 aa  74.3  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.75 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  30.68 
 
 
1449 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.65 
 
 
1465 aa  73.2  0.000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  30.68 
 
 
1449 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.41 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.61 
 
 
1442 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
934 aa  72.4  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.22 
 
 
233 aa  72  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
205 aa  71.6  0.000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  25.6 
 
 
251 aa  71.6  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.05 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.81 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.81 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.36 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.89 
 
 
721 aa  69.7  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
930 aa  69.7  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  29.47 
 
 
207 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.37 
 
 
233 aa  69.3  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.23 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
498 aa  68.9  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.04 
 
 
722 aa  68.6  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  26.59 
 
 
1390 aa  68.6  0.00000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
233 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  30.46 
 
 
1432 aa  68.6  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 
231 aa  68.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
231 aa  68.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
315 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  22.47 
 
 
246 aa  67.8  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.47 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.21 
 
 
719 aa  68.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.74 
 
 
184 aa  67  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  30.54 
 
 
616 aa  67  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.05 
 
 
236 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.74 
 
 
184 aa  67  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.54 
 
 
595 aa  67.4  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.24 
 
 
956 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
729 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.21 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  23.56 
 
 
200 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>