More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1305 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 232 aa  476  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.2 
 
 		 232 aa  295  4e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.39 
 
 		 236 aa  275  4e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.37 
 
 		 205 aa  261  6e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.73 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  33.9 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 		 203 aa  96.3  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.46 
 
 		 236 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.92 
 
 		 236 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  31.87 
 
 		 235 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 		 205 aa  91.7  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.6 
 
 		 240 aa  89.4  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  33.89 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  33.33 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.47 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.98 
 
 		 722 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.78 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  31.72 
 
 		 1440 aa  83.2  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.43 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.74 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  30.64 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  26.44 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.49 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  28.96 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  30.95 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30.77 
 
 		 729 aa  77.8  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  30.29 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.46 
 
 		 616 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.37 
 
 		 769 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  27.72 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.59 
 
 		 707 aa  76.6  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.16 
 
 		 731 aa  76.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.66 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  23.94 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.8 
 
 		 1426 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.33 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.06 
 
 		 1390 aa  75.1  0.0000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  31.29 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  28.41 
 
 		 220 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  26.13 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.65 
 
 		 1407 aa  73.6  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  31.32 
 
 		 1444 aa  72.4  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.24 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.65 
 
 		 1367 aa  72  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.65 
 
 		 1367 aa  72  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.5 
 
 		 479 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  30.73 
 
 		 714 aa  71.6  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  29.73 
 
 		 1465 aa  70.1  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  28.06 
 
 		 584 aa  70.5  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.98 
 
 		 1449 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.47 
 
 		 1449 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 		 721 aa  69.7  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 719 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  25.56 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 		 485 aa  69.7  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  29.53 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.95 
 
 		 719 aa  69.3  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.09 
 
 		 864 aa  69.3  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  30.32 
 
 		 1362 aa  69.3  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 		 595 aa  68.9  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25.41 
 
 		 1433 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  25.68 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.32 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.32 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  27.37 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.16 
 
 		 1402 aa  67.8  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.59 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 		 659 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.21 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  26.84 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  28.42 
 
 		 1388 aa  67.4  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  28.07 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  23.44 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  29.01 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.46 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  28.19 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2465  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.37 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  27.49 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>