More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2356 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 223 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  82.06 
 
 		 228 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  82.06 
 
 		 228 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.61 
 
 		 228 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  81.17 
 
 		 228 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  80.63 
 
 		 228 aa  374  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  78.48 
 
 		 228 aa  371  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  78.03 
 
 		 228 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  81.67 
 
 		 181 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.99 
 
 		 226 aa  256  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 226 aa  247  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  56.52 
 
 		 229 aa  244  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.55 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  55.25 
 
 		 228 aa  211  7e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.72 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.65 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  37.04 
 
 		 251 aa  132  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 		 239 aa  128  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 		 236 aa  124  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.2 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  36.23 
 
 		 249 aa  121  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  38.5 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  33.66 
 
 		 240 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  33.82 
 
 		 248 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.75 
 
 		 220 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  34.7 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  35.1 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 		 239 aa  109  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  31.78 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  33.64 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  38.31 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  36.22 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.85 
 
 		 228 aa  105  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  36.27 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.49 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.49 
 
 		 232 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  30.84 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  28.97 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  31.82 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.32 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  33.67 
 
 		 200 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.18 
 
 		 200 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.7 
 
 		 200 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  29.67 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 213 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.67 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.67 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.41 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 		 769 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.89 
 
 		 1367 aa  73.6  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.89 
 
 		 1367 aa  73.6  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.5 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.83 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.67 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.86 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 595 aa  67.8  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.37 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.88 
 
 		 590 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 		 631 aa  66.6  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  29.55 
 
 		 584 aa  66.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 722 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 		 731 aa  65.5  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  29.03 
 
 		 1388 aa  65.5  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.48 
 
 		 578 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.43 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.57 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.76 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.33 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.46 
 
 		 578 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  28.74 
 
 		 603 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.78 
 
 		 616 aa  59.7  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  27.32 
 
 		 574 aa  59.7  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.06 
 
 		 1362 aa  59.7  0.00000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 		 695 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 		 659 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  27.72 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 		 719 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.9 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 		 609 aa  57.8  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.48 
 
 		 1390 aa  58.2  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.12 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  23.53 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  23.38 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>